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Illegal instruction

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Valutazione

Difficoltà
4/5
Tempo stimato
3-5 giorni
Idoneità per principianti
28/100
Tipo di issue
Bug
Chiarezza
Da chiarire
Stato di attività
Ferma
Stack tecnologico
c
Ambito
bioinformatics

Direzione di ricerca

Inizia riproducendo il comando smartpca segnalato con il file smartpca.params.txt fornito, prima usando gli input .ped/.map e poi i dati eigenstrat generati da convertf. Verifica dove si interrompe l’esecuzione dopo l’elaborazione degli SNP e confronta il comportamento tra i dataset con 85 e 853 individui e con poplistname. Il lavoro è completato quando viene identificato se il fallimento è legato al runtime dell’eseguibile o a una particolare combinazione di input e parametri, con un caso riproducibile documentato.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

Hello, I have been trying to run smartpca and I keep getting this error:

/home/bamorim/EIG/bin/smartpca -p smartpca.params.txt

THE INPUT PARAMETERS

##PARAMETER NAME: VALUE
genotypename: /home/bamorim/DEMI/PCA/DEMI_HumanOrigins.Khwe.ped
snpname: /home/bamorim/DEMI/PCA/DEMI_HumanOrigins.Khwe.map
indivname: /home/bamorim/DEMI/PCA/DEMI_HumanOrigins.Khwe.ped
evecoutname: /home/bamorim/DEMI/PCA/DEMI_HumanOrigins.Khwe.pca.evec.txt
evaloutname: /home/bamorim/DEMI/PCA/DEMI_HumanOrigins.Khwe.pca.eval.txt
lsqproject: YES

smartpca version: 18140

norm used

lsqproject used
genetic distance set from physical distance
genotype file processed
snps deleted (nodata): 0. deletesnpoutname: for detailsnumber of samples used: 85 number of snps used: 478950
number of pops for axes: 1
Using 23 threads, and partial sum lookup algorithm.
snp AX-50064432 ignored . allelecnt: 0 missing: 1
snp AX-50069775 ignored . allelecnt: 0 missing: 0
snp AX-50070472 ignored . allelecnt: 0 missing: 0
snp AX-50071782 ignored . allelecnt: 0 missing: 0
snp AX-50074365 ignored . allelecnt: 0 missing: 0
snp AX-50075476 ignored . allelecnt: 0 missing: 4
snp AX-50120905 ignored . allelecnt: 0 missing: 0
snp AX-50142355 ignored . allelecnt: 0 missing: 0
snp AX-50149625 ignored . allelecnt: 0 missing: 0
snp AX-50201779 ignored . allelecnt: 0 missing: 0
total number of snps killed in pass: 3942 used: 475008
Illegal instruction

I have tried running this analysis with both .ped/.map and eigenstrat that I converted using convertf and I keep getting the same illegal instruction error. I also get this error if I use all my dataset (853 individuals) and when I specify poplistname. Do you know what I could be doing wrong?

Lingua principale
C
Stelle
207
Fork
61
Nessuna PR unita negli ultimi 30g

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