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conda - smartpca stalling issue

Aperta
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Valutazione

Difficoltà
4/5
Tempo stimato
3-5 giorni
Idoneità per principianti
25/100
Tipo di issue
Bug
Chiarezza
Da chiarire
Stato di attività
Ferma
Stack tecnologico
c
Ambito
bioinformatics, cli

Direzione di ricerca

Il report nomina il comando smartpca, il file dei parametri test.L.pca.par e gli input test.geno, test.snp e test.ind. Inizia riproducendo il comando e verificando dove si interrompe l'elaborazione dopo il messaggio total number of SNPs killed; il lavoro è completato quando viene identificata la causa del blocco e viene confermato un rimedio sui dataset segnalati.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

Hi,

I am having a few issues with running smartpca, which I have installed using conda. The software initially runs successfully, but stalls after the total number of snps killed in pass:xxxxx step.

Please find below the command line transcript in its entirety:

smartpca -p  test.L.pca.par
parameter file: test.L.pca.par
THE INPUT PARAMETERS
PARAMETER NAME: VALUE
genotypename: test.geno
snpname: test.snp
indivname: test.ind
evecoutname: test.pca.evec
evaloutname: test.eval
lsqproject: YES
numoutevec: 4
numthreads: 8
smartpca version: 13050
norm used

lsqproject used
test.snp: genetic distance set from physical distance
nodata:          15:80297900
nodata:          19:27961945
number of samples used: 15 number of snps used: 299440
Using 8 threads, and partial sum lookup algorithm.
 snp            1:1599161 ignored . allelecnt:     0  missing:     2
 snp            1:1780878 ignored . allelecnt:     0  missing:     1
 snp            1:1793071 ignored . allelecnt:     0  missing:     3
 snp            1:1793786 ignored . allelecnt:     0  missing:     1
 snp            1:2222583 ignored . allelecnt:     0  missing:     1
 snp            1:2236697 ignored . allelecnt:     0  missing:     4
 snp            1:3098715 ignored . allelecnt:     0  missing:     1
 snp            1:3168280 ignored . allelecnt:     0  missing:     1
 snp            1:3356405 ignored . allelecnt:     0  missing:     0
 snp            1:3512516 ignored . allelecnt:     0  missing:     0
total number of snps killed in pass: 10948  used: 288492

I have attempted to run smartpca on a number of different datasets, of differing sizes and origins, but the result/lack of result is the same. I have left the program running for a number of weeks, but the command line output does not differ after thirty minutes or so of running.

Is this a known issue? And if so how might I remedy?

Thanks,

William

Lingua principale
C
Stelle
207
Fork
61
Nessuna PR unita negli ultimi 30g

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