.snp error in Admixtools
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Valutazione
- Difficoltà
- 3/5
- Tempo stimato
- 1-2 giorni
- Idoneità per principianti
- 35/100
- Tipo di issue
- Bug
- Chiarezza
- Abbastanza chiara
- Stato di attività
- Ferma
- Stack tecnologico
- c
- Ambito
- bioinformatics
Direzione di ricerca
Inizia verificando le aspettative di qpDstat sul formato SNP e confrontando i record forniti con example.snp. Riproduci il comando usando parqpDstat e il valore di cromosoma mostrato, quindi determina se il parser richiede identificatori di cromosoma numerici o supporta nomi in stile accession. Il lavoro è completato quando viene documentato il formato accettato oppure viene identificata la modifica necessaria al parser.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
Hi all,
I have a snp file looking like this:
loc7_pos19 APLT01000001.1 0.0 3008 T G
loc7_pos32 APLT01000001.1 0.0 3021 T C
loc7_pos150 APLT01000001.1 0.0 3139 C A
loc7_pos176 APLT01000001.1 0.0 3165 C T
loc7_pos179 APLT01000001.1 0.0 3168 A G
loc7_pos184 APLT01000001.1 0.0 3173 A G
loc16_pos41 APLT01000003.1 0.0 2263 G A
loc16_pos55 APLT01000003.1 0.0 2277 C T
loc18_pos14 KL579098.1 0.0 19491 T C
loc19_pos7 KL579098.1 0.0 38380 G A
loc19_pos22 KL579098.1 0.0 38395 C A
loc21_pos46 KL579099.1 0.0 7699 G T
loc21_pos70 KL579099.1 0.0 7723 G A
But when running qpDstat -p parqpDstat [-l lo] [-h hi] >logfile
I receive this error:
`fatalx:
bad chrom: APLT01000001.1
Aborted`
I don’t understand the problem to solve it, is it because it should be an integer (due to the example.snp) or something else?
- Lingua principale
- C
- Stelle
- 207
- Fork
- 61
- Metriche di merge delle PR
- Nessuna PR unita negli ultimi 30g
Preparare l'ambiente
Questo progetto non fornisce container di sviluppo, Dockerfile né guida per i contributori, quindi l'ambiente è a tuo carico: parti dal suo README e consulta la nostra guida al primo contributo per i passaggi generali.
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
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