Smartrel does not yield any output
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Valutazione
- Difficoltà
- 4/5
- Tempo stimato
- 3-5 giorni
- Idoneità per principianti
- 28/100
- Tipo di issue
- Bug
- Chiarezza
- Abbastanza chiara
- Stato di attività
- Ferma
- Ambito
- bioinformatics
Direzione di ricerca
Inizia riproducendo il comando da smartrel.perl con par.smartrel ed esamina smartrel.log insieme all'output data_rel.coef previsto. Segui il punto di ingresso smartrel per determinare perché le corrispondenze della soglia non producono alcun file di output e verifica quali parametri smartpca sono accettati; il lavoro è completato quando la configurazione documentata produce il file dei coefficienti previsto oppure segnala chiaramente i parametri non validi.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
Hello,
I am trying to use smartrel to find related individuals in my data. Unfortunately, I get no file of pairwise correlation coefficients. In my log file, I can see those who were above the set threshold, but there is no output file. Here are my scripts:
smartrel.perl
#!/usr/bin/perl
$ENV{'PATH'} = "../bin:$ENV{'PATH'}";
$command = "../bin/smartrel";
$command .= " -p par.smartrel > smartrel.log";
print("$command\n");
system("$command");
par.smartrel
genotypename: data.geno
snpname: data.snp
indivname: data.ind
outputname: data_rel.coef
numeigs: 1
relthresh: 0.10
numoutlieriter: 0
numthreads: 32
I would add that I get no output file no matter the paramenters set in par.smartrel. Also, it looks like smartpca parameters can go inside smartrel's. Does this apply to all params or just some?
Could you please help me with this issue?
Best,
Andrei
- Lingua principale
- C
- Stelle
- 207
- Fork
- 61
- Metriche di merge delle PR
- Nessuna PR unita negli ultimi 30g
Preparare l'ambiente
Questo progetto non fornisce container di sviluppo, Dockerfile né guida per i contributori, quindi l'ambiente è a tuo carico: parti dal suo README e consulta la nostra guida al primo contributo per i passaggi generali.
Come iniziare
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