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Valutazione
- Difficoltà
- 4/5
- Tempo stimato
- 3-5 giorni
- Idoneità per principianti
- 20/100
- Tipo di issue
- Bug
- Chiarezza
- Da chiarire
- Stato di attività
- Ferma
- Ambito
- bioinformatics, cli
Direzione di ricerca
Inizia riproducendo il comando mostrato smartpca -p test.pca.par e ispeziona il valore cromosomico LT635612.1 nei dati di input. Esamina gli entry point smartpca, ploteig ed evec2pca.perl per determinare perché quel valore viene rifiutato; il lavoro è completato quando il fallimento è spiegato e viene identificata la modifica richiesta all'input o al parametro.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
~/betterSoftware/EIG/bin/smartpca.perl
-i samples.eigen.geno
-a samples.eigen.snp
-b samples.eigen.ind
-o test.pca
-p test
-e test.eigan.eval
-l test.log
smartpca -p test.pca.par >test.log
fatalx:
bad chrom: LT635612.1
sh: line 1: 4589 Aborted (core dumped) smartpca -p test.pca.par > test.log
ploteig -i test.pca.evec -c 1:2 -p -x -y -o test.xtxt
evec2pca.perl 10 test.pca.evec samples.eigen.ind test.pca
- Lingua principale
- C
- Stelle
- 207
- Fork
- 61
- Metriche di merge delle PR
- Nessuna PR unita negli ultimi 30g
Preparare l'ambiente
Questo progetto non fornisce container di sviluppo, Dockerfile né guida per i contributori, quindi l'ambiente è a tuo carico: parti dal suo README e consulta la nostra guida al primo contributo per i passaggi generali.
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
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