pca selection statistic
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Valutazione
- Difficoltà
- 3/5
- Tempo stimato
- 1-2 giorni
- Idoneità per principianti
- 25/100
- Tipo di issue
- Documentazione
- Chiarezza
- Da chiarire
- Stato di attività
- Ferma
- Ambito
- documentation
Direzione di ricerca
Inizia esaminando example.pcaselection.par e example.pcaselection.chisq, quindi confronta i file README di POPGEN ed EIGENSOFT. Documenta come eseguire pcaselection con autovettori precalcolati, chiarisci se i nomi delle funzioni sono cambiati e includi l'output previsto.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
I am having trouble calculating the PCA selection statistics described in Galinsky 2016 Fast PCA paper using the Eigensoft software.
In EIG v6.1.4 there appears to be a parameter file example.pcaselection.par and the output example.pcaselection.chisq but I’m unable to figure out how to run and produce this output. I have been unable to locate information about the selection statistic (pcaselection) in the README files (both in POPGEN and EIGENSOFT). It does say that “pcaselection was omitted from 6.1.3 by accident" but I don’t see any mention of it besides the example output in 6.1.4.
Have the names of this function changed? Could you point me to the explanation of how to run and generate the selection statistics using the pre-computed eigenvectors?
Any help is greatly appreciated,
Rachel Blumhagen
- Lingua principale
- C
- Stelle
- 207
- Fork
- 61
- Metriche di merge delle PR
- Nessuna PR unita negli ultimi 30g
Preparare l'ambiente
Questo progetto non fornisce container di sviluppo, Dockerfile né guida per i contributori, quindi l'ambiente è a tuo carico: parti dal suo README e consulta la nostra guida al primo contributo per i passaggi generali.
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
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