FST details (by SNP FST) not printed
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Valutazione
- Difficoltà
- 3/5
- Tempo stimato
- 1-2 giorni
- Idoneità per principianti
- 35/100
- Tipo di issue
- Bug
- Chiarezza
- Abbastanza chiara
- Stato di attività
- Ferma
- Stack tecnologico
- c
- Ambito
- bioinformatics, cli
Direzione di ricerca
Inizia riproducendo il report con il file dei parametri e i nomi degli input forniti, verificando come vengono gestiti fstonly e fstdetailsname. Segui il percorso di output FST per determinare perché compare solo la riga di riepilogo. Il lavoro è completato quando la stessa esecuzione produce il file di dettagli FST previsto per ogni variante, mantenendo al contempo la stima complessiva.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
Hi!
I've been trying to get FST estimates per variant. I'm using the flag "fstdetailsname" as shown below, which I thought would do that, but I still only get the overall FST estimate. I tried other configurations but so far I only get that one line of output.
I would be very grateful for any help on this :) thank you!
My par file looks as follows:
genotypename: phased_panel.snpOnly.targetPopFiltered.ped
snpname: phased_panel.snpOnly.targetPopFiltered.map
indivname: AMR_EAS_EUR_poplist.ind
poplistname: AMR_EAS.EIGEN.list
fstonly: YES
fstdetailsname: FSTdetails.out
phylipoutname: FSTmatrix.phy
Output:
Fst statistics between populations: fst fstjack std error Z snpnumber
F_st AMR EAS 0.004445 0.004445 0.000254 17.467 3595170
- Lingua principale
- C
- Stelle
- 207
- Fork
- 61
- Metriche di merge delle PR
- Nessuna PR unita negli ultimi 30g
Preparare l'ambiente
Questo progetto non fornisce container di sviluppo, Dockerfile né guida per i contributori, quindi l'ambiente è a tuo carico: parti dal suo README e consulta la nostra guida al primo contributo per i passaggi generali.
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
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