wgs-prs skill: Nextflow install note pipes a remote script into bash

Aperta Adatta ai principianti
  • Qualcosa non va?
#751 1 commento 0 reazioni 0 assegnatari Vedi su GitHub

I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

Nessuno ha ancora preso questa issue.

Valutazione

Difficoltà
2/5
Tempo stimato
1-3 ore
Idoneità per principianti
78/100
Tipo di issue
Bug
Chiarezza
Specificata chiaramente
Stato di attività
Attiva
Stack tecnologico
bash, python, yaml
Ambito
bioinformatics, security

Direzione di ricerca

Leggi i metadati di installazione in skills/wgs-prs/SKILL.md:28 e verifica come viene utilizzato il blocco install per confermare cosa esegue la note. Sostituisci la nota sull’invio di uno script remoto alla shell con un’installazione conda fissata a una versione o con un artefatto versionato con verifica del checksum. Il lavoro è completato quando i metadati di installazione non indicano più agli utenti o all’automazione di inviare lo script remoto a bash e continuano a indicare come installare Nextflow.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

The WGS-PRS skill's machine-readable install metadata tells the agent/user to install Nextflow with a remote-script-to-shell pipeline (skills/wgs-prs/SKILL.md:28):

install:
- kind: url
  url: https://get.nextflow.io
  bins:
  - nextflow
  note: curl -s https://get.nextflow.io | bash

Why this matters

  • curl -s https://get.nextflow.io | bash executes whatever the endpoint returns with the user's privileges; there is no checksum, signature, or version pin.
  • The block is metadata (kind: url, bins: nextflow), so an automated harness may run the note without a human reviewing the script.
  • The skill runs on genomic data in a project workspace; a compromised installer can read or modify inputs, outputs, and any credentials in the environment.
  • The same block already uses conda for bcftools, so a conda-based Nextflow install is available as a safer default.

Suggested change

  • Replace the note with a version-pinned conda install (conda install -c bioconda nextflow=<version>) or a versioned release artifact plus SHA-256 verification.
  • If the official installer must be used, download it to a temporary file, verify its checksum, and execute only after the check passes.
  • Do not keep curl ... | bash as the install note.

Evidence

  • Repository: ClawBio/ClawBio
  • File: skills/wgs-prs/SKILL.md
  • Line: 28
Lingua principale
Python
Stelle
1.2k
Fork
283
Merge medio
1g 8h
PR unite (30g)
128

Preparare l'ambiente

Come iniziare

  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
  3. Fai un fork del repository e lavora su un branch.
  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

Altre issue di ClawBio/ClawBio

Tutte le issue di ClawBio/ClawBio

Issue simili

Altre issue su Python

Ricevi le nuove issue nella tua casella

Un breve riepilogo di issue GitHub adatte ai principianti.