[Bug] Promoter intervals exceed chromosome boundaries on chrM (hg38)
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Valutazione
- Difficoltà
- 4/5
- Tempo stimato
- 3-5 giorni
- Idoneità per principianti
- 35/100
- Tipo di issue
- Bug
- Chiarezza
- Abbastanza chiara
- Stato di attività
- Ferma
- Stack tecnologico
- r
- Ambito
- bioinformatics
Direzione di ricerca
Inizia individuando il codice che genera gli intervalli dei promotori in GenomicFeatures e analizza come vengono gestite le estensioni dei TSS per hg38 chrM. Confronta gli intervalli generati con le dimensioni dei cromosomi e valuta l’approccio suggerito con GenomicRanges::trim(). Il lavoro è completato quando gli intervalli BED dei promotori rimangono entro i limiti dei cromosomi, con una validazione o avvisi per le coordinate fuori limite.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
version
GenomicFeatures_1.58.0
Description
Generated promoter intervals include coordinates outside chromosome boundaries. For example, on hg38 chrM (length = 16,569 bp):
chrM -924 1076
chrM -853 1147
chrM 15523 17523
The first two have negative starts, and the last exceeds the chromosome length.
Expected
All BED intervals should satisfy:
0 <= start < end <= chromSize.
Suggestion
When extending TSS to promoters, clip intervals to chromosome sizes (e.g. with bedtools slop -g hg38.sizes or GenomicRanges::trim() in R). Add validation or warnings for out-of-bound coordinates.
- Lingua principale
- R
- Stelle
- 26
- Fork
- 10
- Metriche di merge delle PR
- Nessuna PR unita negli ultimi 30g
Preparare l'ambiente
Questo progetto non fornisce container di sviluppo, Dockerfile né guida per i contributori, quindi l'ambiente è a tuo carico: parti dal suo README e consulta la nostra guida al primo contributo per i passaggi generali.
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
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