Bubble sizes out of order, when using a formula for the `color`/`name` attributes

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Évaluation

Difficulté: 4/5
Temps estimé: 3-5 jours
Accessibilité débutants: 35/100

Type d'issue: Bug
Clarté: Plutôt claire
Activité: À l'abandon
Stack technique: r
Domaine: data-visualization

Piste de recherche

Aucun fichier source ni test n'est nommé. Commencez par exécuter les exemples plot_ly fournis avec des valeurs de couleur formula et statiques, puis suivez la manière dont les données de marker size, color et name sont assemblées. Le travail est considéré comme terminé lorsque les tailles des bulles restent alignées sur les lignes d'origine pour les seuils et les cas de name signalés, avec une couverture de régression pour les exemples.

Rédigé par le modèle d'indexation à partir du texte de l'issue.

Description

Hi folks, I'm seeing a strange effect on scatter plot marker sizes, when using a formula for the color (and name) attributes.

(edited to add more test cases)

library(plotly)
#> Loading required package: ggplot2
#> 
#> Attaching package: 'plotly'
#> The following object is masked from 'package:ggplot2':
#> 
#>     last_plot
#> The following object is masked from 'package:stats':
#> 
#>     filter
#> The following object is masked from 'package:graphics':
#> 
#>     layout

df <- data.frame(x = c(1, 2, 3, 4, 5),
                 y = c(1, 2, 3, 4, 5),
                 z = c(1, 2, 3, 4, 5))

# Expected output: marker sizes in order
plot_ly(df,
        x = ~x,
        y = ~y,
        type = "scatter",
        mode = "markers",
        marker = list(size = ~z,
                      sizeref = 0.1),
        color = ~z < 2,
        colors = c(I("green"), I("red")),
        text = ~paste0("z: ", z))


# df has correct data
df
#>   x y z
#> 1 1 1 1
#> 2 2 2 2
#> 3 3 3 3
#> 4 4 4 4
#> 5 5 5 5

# Buggy output: changing "color" formula threshold puts marker sizes out of order
plot_ly(df,
        x = ~x,
        y = ~y,
        type = "scatter",
        mode = "markers",
        marker = list(size = ~z,
                      sizeref = 0.1),
        color = ~z < 3,
        colors = c(I("green"), I("red")),
        text = ~paste0("z: ", z))


# df still has correct data
df
#>   x y z
#> 1 1 1 1
#> 2 2 2 2
#> 3 3 3 3
#> 4 4 4 4
#> 5 5 5 5

# Buggy output: static vector also puts marker sizes out of order
plot_ly(df,
        x = ~x,
        y = ~y,
        type = "scatter",
        mode = "markers",
        marker = list(size = ~z,
                      sizeref = 0.1),
        color = c(TRUE, TRUE, FALSE, FALSE, FALSE),
        colors = c(I("green"), I("red")),
        text = ~paste0("z: ", z))


# Buggy output: use ifelse with (TRUE, FALSE)
plot_ly(df,
        x = ~x,
        y = ~y,
        type = "scatter",
        mode = "markers",
        marker = list(size = ~z,
                      sizeref = 0.1),
        color = ~ifelse(z < 3, TRUE, FALSE),
        colors = c(I("green"), I("red")),
        text = ~paste0("z: ", z))


# Possible workaround: use ifelse with (1, 0)
plot_ly(df,
        x = ~x,
        y = ~y,
        type = "scatter",
        mode = "markers",
        marker = list(size = ~z,
                      sizeref = 0.1),
        color = ~ifelse(z < 3, 1, 0),
        colors = c(I("green"), I("red")),
        text = ~paste0("z: ", z))


# Buggy again when adding "name" field with formula
plot_ly(df,
        x = ~x,
        y = ~y,
        type = "scatter",
        mode = "markers",
        marker = list(size = ~z,
                      sizeref = 0.1),
        color = ~ifelse(z < 3, 1, 0),
        colors = c(I("green"), I("red")),
        name = ~ifelse(z < 3, "Red", "Green"),
        text = ~paste0("z: ", z))

^{Created on 2024-04-06 with reprex v2.1.0}

Session info

sessioninfo::session_info()
#> ─ Session info ───────────────────────────────────────────────────────────────
#>  setting  value
#>  version  R version 4.3.3 (2024-02-29)
#>  os       Ubuntu 22.04.4 LTS
#>  system   x86_64, linux-gnu
#>  ui       X11
#>  language (EN)
#>  collate  en_US.UTF-8
#>  ctype    en_US.UTF-8
#>  tz       America/Indiana/Vevay
#>  date     2024-04-06
#>  pandoc   3.1.1 @ /usr/lib/rstudio/resources/app/bin/quarto/bin/tools/ (via rmarkdown)
#> 
#> ─ Packages ───────────────────────────────────────────────────────────────────
#>  package     * version date (UTC) lib source
#>  callr         3.7.5   2024-02-19 [1] CRAN (R 4.3.2)
#>  cli           3.6.2   2023-12-11 [1] CRAN (R 4.3.2)
#>  colorspace    2.1-0   2023-01-23 [1] CRAN (R 4.3.0)
#>  crosstalk     1.2.1   2023-11-23 [1] CRAN (R 4.3.2)
#>  curl          5.2.0   2023-12-08 [1] CRAN (R 4.3.2)
#>  data.table    1.15.0  2024-01-30 [1] CRAN (R 4.3.2)
#>  digest        0.6.34  2024-01-11 [1] CRAN (R 4.3.2)
#>  dplyr         1.1.4   2023-11-17 [1] CRAN (R 4.3.2)
#>  ellipsis      0.3.2   2021-04-29 [1] CRAN (R 4.3.0)
#>  evaluate      0.23    2023-11-01 [1] CRAN (R 4.3.2)
#>  fansi         1.0.6   2023-12-08 [1] CRAN (R 4.3.2)
#>  farver        2.1.1   2022-07-06 [1] CRAN (R 4.3.0)
#>  fastmap       1.1.1   2023-02-24 [1] CRAN (R 4.3.0)
#>  fs            1.6.3   2023-07-20 [1] CRAN (R 4.3.2)
#>  generics      0.1.3   2022-07-05 [1] CRAN (R 4.3.0)
#>  ggplot2     * 3.5.0   2024-02-23 [1] CRAN (R 4.3.2)
#>  glue          1.7.0   2024-01-09 [1] CRAN (R 4.3.2)
#>  gtable        0.3.4   2023-08-21 [1] CRAN (R 4.3.2)
#>  highr         0.10    2022-12-22 [1] CRAN (R 4.3.0)
#>  htmltools     0.5.7   2023-11-03 [1] CRAN (R 4.3.2)
#>  htmlwidgets   1.6.4   2023-12-06 [1] CRAN (R 4.3.2)
#>  httr          1.4.7   2023-08-15 [1] CRAN (R 4.3.2)
#>  jsonlite      1.8.8   2023-12-04 [1] CRAN (R 4.3.2)
#>  knitr         1.45    2023-10-30 [1] CRAN (R 4.3.2)
#>  lazyeval      0.2.2   2019-03-15 [1] CRAN (R 4.3.0)
#>  lifecycle     1.0.4   2023-11-07 [1] CRAN (R 4.3.2)
#>  magrittr      2.0.3   2022-03-30 [1] CRAN (R 4.3.0)
#>  munsell       0.5.0   2018-06-12 [1] CRAN (R 4.3.0)
#>  pillar        1.9.0   2023-03-22 [1] CRAN (R 4.3.0)
#>  pkgconfig     2.0.3   2019-09-22 [1] CRAN (R 4.3.0)
#>  plotly      * 4.10.4  2024-01-13 [1] CRAN (R 4.3.2)
#>  processx      3.8.3   2023-12-10 [1] CRAN (R 4.3.2)
#>  ps            1.7.6   2024-01-18 [1] CRAN (R 4.3.2)
#>  purrr         1.0.2   2023-08-10 [1] CRAN (R 4.3.2)
#>  R.cache       0.16.0  2022-07-21 [1] CRAN (R 4.3.1)
#>  R.methodsS3   1.8.2   2022-06-13 [1] CRAN (R 4.3.1)
#>  R.oo          1.26.0  2024-01-24 [1] CRAN (R 4.3.2)
#>  R.utils       2.12.3  2023-11-18 [1] CRAN (R 4.3.2)
#>  R6            2.5.1   2021-08-19 [1] CRAN (R 4.3.0)
#>  reprex        2.1.0   2024-01-11 [1] CRAN (R 4.3.3)
#>  rlang         1.1.3   2024-01-10 [1] CRAN (R 4.3.2)
#>  rmarkdown     2.25    2023-09-18 [1] CRAN (R 4.3.2)
#>  rstudioapi    0.15.0  2023-07-07 [1] CRAN (R 4.3.2)
#>  scales        1.3.0   2023-11-28 [1] CRAN (R 4.3.2)
#>  sessioninfo   1.2.2   2021-12-06 [1] CRAN (R 4.3.0)
#>  styler        1.10.2  2023-08-29 [1] CRAN (R 4.3.1)
#>  tibble        3.2.1   2023-03-20 [1] CRAN (R 4.3.0)
#>  tidyr         1.3.1   2024-01-24 [1] CRAN (R 4.3.2)
#>  tidyselect    1.2.0   2022-10-10 [1] CRAN (R 4.3.0)
#>  utf8          1.2.4   2023-10-22 [1] CRAN (R 4.3.2)
#>  vctrs         0.6.5   2023-12-01 [1] CRAN (R 4.3.2)
#>  viridisLite   0.4.2   2023-05-02 [1] CRAN (R 4.3.0)
#>  webshot       0.5.5   2023-06-26 [1] CRAN (R 4.3.2)
#>  withr         3.0.0   2024-01-16 [1] CRAN (R 4.3.2)
#>  xfun          0.42    2024-02-08 [1] CRAN (R 4.3.2)
#>  xml2          1.3.6   2023-12-04 [1] CRAN (R 4.3.2)
#>  yaml          2.3.8   2023-12-11 [1] CRAN (R 4.3.2)
#> 
#>  [1] /home/jonathan/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.3
#>  [2] /usr/local/lib/R/site-library
#>  [3] /usr/lib/R/site-library
#>  [4] /usr/lib/R/library
#> 
#> ──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────

Bad color formulas are:

z < 3
z < 4
z < 5

The results from z < 2 may also be incorrect ... they're just indiscernible given my example.

This behavior causes significant skewing/confusion for bubble plots of any size.

Thanks for reading!

Langage dominant: R
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