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Prepocessing does not work

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Évaluation

Difficulté
3/5
Temps estimé
1-2 jours
Accessibilité débutants
35/100
Type d'issue
Bug
Clarté
À clarifier
Activité
À l'abandon
Stack technique
bash, python
Domaine
bioinformatics, cli

Piste de recherche

Start with the repository's documented preprocess.sh invocation and inspect how that script is installed or exposed in the Python environment. Reproduce the command and the SLURM example using the metagenomic FASTQ inputs; done means the command can locate and run preprocess.sh without the reported command-not-found error.

Rédigé par le modèle d'indexation à partir du texte de l'issue.

Description

Hello, I was trying to use your tool for checking metagenomics fastq.gz files. I am working in HPC, so I created a new environment where I downloaded conda install preprocessing -c Fasnicar. The problem is when I send the command you put parallel -j NCPU 'preprocess.sh -i {} [ other parameters]' ::: ls input_folder

Academic tradition requires you to cite the works on which your paper is based.
If you use programs that use GNU Parallel to process data for an article in a scholarly publication, please cite
scientific publication, please cite:

Tange, O. (2024, Sept. 22). GNU Parallel 20240922 ('Gold Apollo AR924').
Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.13826092

This helps fund further development; AND IT DOES NOT COST YOU A CENT.
If you pay 10000 euros you should feel free to use GNU Parallel without citations.

Read more about GNU Parallel funding and the citation notice:
https://www.gnu.org/software/parallel/parallel_design.html#citation-notice

To silence this citation warning: run 'parallel --citation' once.

Come on: You have run Parallel 10 times. Isn't it time
to run 'parallel --citation' once to silence the citation alert?

/usr/bin/bash: preprocess.sh: command not found

and even if I go into the preprocess folder, where I see the file, I get the same error.

I created a sh job I :

#!/bin/bash 
#SBATCH --account=francesconimichela
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --mem=200G
#SBATCH --ntasks=100
python /share/project9/home/francesconimichela/preprocessing/preprocess.sh -i {} ::: /share/project9/home/francesconimichela/concat_I3lung/*

but again, it doesn't work. I can't figure out how to make the command go.
I apologize if this is a silly question or if I didn't explain myself well but there are really few explanations

Michela

Langage dominant
Python
Étoiles
15
Forks
3
Aucune PR mergée en 30 j

Préparer son environnement

Ce projet ne fournit ni conteneur de développement, ni Dockerfile, ni guide de contribution : l'installation est à votre charge. Commencez par son README, et consultez notre guide de la première contribution pour les étapes générales.

Par où commencer

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