Condition table not specified for parameters governed by rate rules
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Évaluation
- Difficulté
- 1/5
- Temps estimé
- Moins d'une heure
- Accessibilité débutants
- 45/100
- Type d'issue
- Documentation
- Clarté
- Clairement spécifiée
- Activité
- À l'abandon
- Domaine
- documentation
Piste de recherche
Start at the condition-table section of documentation_data_format.html and review the current condition table description against the issue's proposed wording. Update the documentation to mention initial values of parameters governed by RateRules, then check the rendered page for clarity and formatting.
Rédigé par le modèle d'indexation à partir du texte de l'issue.
Description
Which problem would you like to address? Please describe.
Parameters in SBML can be either constant=True or constant=False. In case of constant=False the parameter can be either governed by an AssignmentRule or a RateRule. In case of a RateRule the parameter becomes a state variable in the ODE (analoque to species and compartments which are constant=False and governed by a RateRule or in case of species by reactions).
For such parameters which are governed by RateRules a typical condition is to set the initial value of the state variable, but this is currently not mentioned in the condition table.
See also https://github.com/AMICI-dev/AMICI/issues/1750 for an example PETab problem.
Describe the solution you would like
I propose to clarify the description of the condition table, i.e.,
I.e. the more correct way for the condition table description in
https://petab.readthedocs.io/en/latest/documentation_data_format.html#condition-table
should be
The condition table specifies constant parameters, or initial values of species, compartments or parameters for specific simulation conditions (generally corresponding to different experimental conditions).
instead of
The condition table specifies parameters, or initial values of species and compartments for specific simulation conditions (generally corresponding to different experimental conditions).
Describe alternatives you have considered
An alternative is to encode the parameter as a species or compartment governed by a RateRule. While this would be supported, the semantics would be incorrect and also the units would create problems.
- Langage dominant
- Aucune donnée de langage
- Étoiles
- 67
- Forks
- 16
- Merge moyen
- 1 j 19 h
- PR mergées (30 j)
- 1
Préparer son environnement
- Aucun Dockerfile ni fichier Docker Compose
- Aucun modèle de pull request
- Lire le guide de contribution
Par où commencer
- Lisez l'issue en entier, puis le guide de contribution du projet.
- Signalez en commentaire que vous la prenez — cela évite que deux personnes fassent le même travail.
- Forkez le dépôt et travaillez sur une branche.
- Ouvrez une pull request qui référence le numéro de l'issue.
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