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One malformed signal in mimic3 matched?

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#458 1 commentaire 0 réactions 0 personnes assignées Voir sur GitHub

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Évaluation

Difficulté
4/5
Temps estimé
3-5 jours
Accessibilité débutants
35/100
Type d'issue
Bug
Clarté
Plutôt claire
Activité
À l'abandon
Stack technique
python
Domaine
data

Piste de recherche

Commencez par reproduire l’exemple avec wfdb.rdrecord pour p086831-2130-12-29-18-28n, à la fois depuis la base de données en ligne et depuis les fichiers .hea et .dat locaux. Inspectez wfdb/io/_signal.py autour de _check_sig_dims et comparez les dimensions d’échantillons déclarées aux données chargées. Le travail est terminé lorsqu’il est déterminé si l’écart provient de wfdb ou du fichier MIMIC et que les éléments probants sont consignés.

Rédigé par le modèle d'indexation à partir du texte de l'issue.

Description

Hi,

I've been using wfdb-python to parse numerics from the mimic3 waveforms database at large. I've found just one file that appears to be unreadable by wfdb, from patient p086831. Here's a minimum example (pulling from the online database):

import wfdb
rec_id = "p086831-2130-12-29-18-28n"
# rec_path = "mimic3wdb/1.0/matched/p08/p086831/"
rec_path = "mimic3wdb-matched/1.0/p08/p086831/"
rec = wfdb.rdrecord(rec_id, pn_dir=rec_path)

ValueError                                Traceback (most recent call last)
Cell In[6], line 6
      4 # rec_path = "mimic3wdb/1.0/matched/p08/p086831/"
      5 rec_path = "mimic3wdb-matched/1.0/p08/p086831/"
----> 6 rec = wfdb.rdrecord(rec_id, pn_dir=rec_path)
...
File .../venv/lib/python3.11/site-packages/wfdb/io/_signal.py:2051, in _check_sig_dims(sig, read_len, n_sig, samps_per_frame)
   2049 for ch in range(n_sig):
   2050     if len(sig[ch]) != samps_per_frame[ch] * read_len:
-> 2051         raise ValueError("Samples were not loaded correctly")

ValueError: Samples were not loaded correctly

This also occurs when pulling the respective .hea and .dat files locally and using wfdb from there.

Perhaps this is an issue with the MIMIC file itself, but I wanted to start here, since I'm not sure how to tell. Might this be a MIMIC bug, or is this a wfdb issue?

Thanks in advance--

Langage dominant
Jupyter Notebook
Étoiles
853
Forks
323
Aucune PR mergée en 30 j

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