One malformed signal in mimic3 matched?
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Evaluación
- Dificultad
- 4/5
- Tiempo estimado
- 3-5 días
- Aptitud para principiantes
- 35/100
Línea de trabajo
Empieza reproduciendo el ejemplo con wfdb.rdrecord para p086831-2130-12-29-18-28n, tanto desde la base de datos en línea como desde los archivos .hea y .dat locales. Inspecciona wfdb/io/_signal.py alrededor de _check_sig_dims y compara las dimensiones de muestra declaradas con los datos cargados. Se considera terminado cuando se determine si la discrepancia se origina en wfdb o en el archivo de MIMIC y se registren las pruebas.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
Hi,
I've been using wfdb-python to parse numerics from the mimic3 waveforms database at large. I've found just one file that appears to be unreadable by wfdb, from patient p086831. Here's a minimum example (pulling from the online database):
import wfdb
rec_id = "p086831-2130-12-29-18-28n"
# rec_path = "mimic3wdb/1.0/matched/p08/p086831/"
rec_path = "mimic3wdb-matched/1.0/p08/p086831/"
rec = wfdb.rdrecord(rec_id, pn_dir=rec_path)
ValueError Traceback (most recent call last)
Cell In[6], line 6
4 # rec_path = "mimic3wdb/1.0/matched/p08/p086831/"
5 rec_path = "mimic3wdb-matched/1.0/p08/p086831/"
----> 6 rec = wfdb.rdrecord(rec_id, pn_dir=rec_path)
...
File .../venv/lib/python3.11/site-packages/wfdb/io/_signal.py:2051, in _check_sig_dims(sig, read_len, n_sig, samps_per_frame)
2049 for ch in range(n_sig):
2050 if len(sig[ch]) != samps_per_frame[ch] * read_len:
-> 2051 raise ValueError("Samples were not loaded correctly")
ValueError: Samples were not loaded correctly
This also occurs when pulling the respective .hea and .dat files locally and using wfdb from there.
Perhaps this is an issue with the MIMIC file itself, but I wanted to start here, since I'm not sure how to tell. Might this be a MIMIC bug, or is this a wfdb issue?
Thanks in advance--
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Guía de contribución
No hay ninguna guía de contribución indexada para este repositorio
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
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