makeSignatures() names discrete signatures "bugphyz:" (missing z)
Nadie ha tomado este issue todavía.
Evaluación
- Dificultad
- 2/5
- Tiempo estimado
- 1-3 horas
- Aptitud para principiantes
- 76/100
Línea de trabajo
Lee makeSignatures() en R/bugphyzz.R, especialmente la rama de firmas discretas y las ramas de rangos mencionadas en el issue. Cambia el prefijo discreto para que coincida con los prefijos de rangos y añade una entrada en NEWS.md que explique los nombres modificados y el impacto en la compatibilidad. El trabajo estará terminado cuando las firmas discretas y las de rangos usen el mismo prefijo y la nota de la versión describa el cambio.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
makeSignatures() prefixes discrete signature names with "bugphyz:" (R/bugphyzz.R#L237), but the range branches at lines 265 and 287 use "bugphyzz:". Every GMT file mixes the two. For example, bugphyzz-genus-NCBI_ID.gmt in bugphyzzExports v1.0.3 (Zenodo 12574596) has 48 bugphyz: signatures and 16 bugphyzz:.
The Python port (bugphyzz-py) already uses bugphyzz:, so R and Python now give different names for the same signatures.
Proposed fix: change line 237 to "bugphyzz:", add a NEWS.md entry noting that discrete signature names changed, and use the corrected prefix in the next bugphyzzExports release. Code that matches signature names against the current exports will need updating, which the NEWS entry should say.
Drafted with Claude Code
- Lenguaje dominante
- R
- Estrellas
- 6
- Forks
- 6
- Métricas de merge de PR
- Sin PR fusionados en 30 d
Preparar el entorno
- Sin Dockerfile ni archivo de Docker Compose
- Sin plantilla de pull request
- Leer la guía de contribución
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
Más de waldronlab/bugphyzz
-
Get number of coding genes and genome size from the NCBIQuizá libre de nuevo @sdgamboa la tomó hace 801 días y no hay ningún pull request abierto. Abiertocuration enhancement
waldronlab/bugphyzz#253 · 1 asignado ·
-
curation enhancement question review
Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100
waldronlab/bugphyzz#242 ·
-
invalid valuesQuizá libre de nuevo @sdgamboa la tomó hace 1153 días y no hay ningún pull request abierto. Abiertocuration
waldronlab/bugphyzz#229 · 6 comentarios · 2 asignados ·
-
Add Madin et al traitsAbiertocuration enhancement
Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 25/100
waldronlab/bugphyzz#166 · 6 comentarios ·
-
enhancement
Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100
waldronlab/bugphyzz#164 ·
Todos los issues de waldronlab/bugphyzz
Issues similares
-
Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 85/100
-
`latest` pre-release missing: Package run deleted it, then `gh release create` failed with HTTP 403Abierto
Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 65/100
Los mantenedores suelen responder en 1 día
-
Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 65/100
Los mantenedores suelen responder en 1 día
-
Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 85/100
nf-core/differentialabundance#770 ·
Los mantenedores suelen responder en 1 día
-
Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 78/100
tidymodels/censored#414 ·