Vina preparation fabricates zero charges and name-based atom types
Nadie ha tomado este issue todavía.
Evaluación
- Dificultad
- 5/5
- Tiempo estimado
- Más de una semana
- Aptitud para principiantes
- 25/100
- Tipo de issue
- Error
- Claridad
- Bastante claro
- Estado de actividad
- Activo
- Stack tecnológico
- python
- Área
- bioinformatics
Línea de trabajo
Start with devguide/pending_bugs/vina_preparation_fabricates_zero_charges_and_name_based_atom_types.md, then review the preparation path and the linked MolSysMT issues #221 and #222. The work is complete when validated charges and atom types drive a documented PDBQT projection, or incomplete inputs are rejected with actionable diagnostics without dropping polar hydrogens by name.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
What — Current preparation writes zero partial charges, guesses AutoDock types from names, and drops hydrogens by name, including polar receptor hydrogens.
How — Replace these assumptions with validated MolSysMT parameters and a documented PDBQT projection; until available, reject incomplete inputs with actionable diagnostics.
Why — The generated PDBQT can be syntactically accepted while misrepresenting the prepared receptor or ligand chemistry.
Record — devguide/pending_bugs/vina_preparation_fabricates_zero_charges_and_name_based_atom_types.md
Related — uibcdf/dockingmt#3. DockingMT needs MolSysMT charge and atom-typing capabilities tracked in uibcdf/molsysmt#221 and uibcdf/molsysmt#222; the local Vina opt-in is provisional while those provider issues remain open.
- Lenguaje dominante
- Python
- Estrellas
- 1
- Forks
- 0
- Merge medio
- 30 min
- PR fusionados (30 d)
- 1
Preparar el entorno
Este proyecto no incluye contenedor de desarrollo, Dockerfile ni guía de contribución, así que la configuración corre por tu cuenta: empieza por su README y consulta nuestra guía para la primera contribución para los pasos generales.
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
Más de uibcdf/dockingmt
-
Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 42/100
-
enhancement
Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 52/100
-
component:molsysmt enhancement
Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100
-
enhancement
Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 55/100
-
component:molsysmt enhancement
Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 48/100
Todos los issues de uibcdf/dockingmt
Issues similares
-
Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 78/100
Los mantenedores suelen responder en 1 día
-
Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 85/100
kornia/kornia#5263 · 1 comentario ·
Los mantenedores suelen responder en 1 día
-
Metadata correction for W16-5400Abiertoapproved correction metadata
Dificultad 1/5 Menos de una hora Aptitud para principiantes 88/100
acl-org/acl-anthology#10133 · 1 comentario ·
Los mantenedores suelen responder en 1 día
-
Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 78/100
BasedHardware/omi#20084 ·
Los mantenedores suelen responder en 1 día
-
bug needs-acceptance wg/evaluation-quality
Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 76/100
vllm-project/semantic-router#4424 ·
Los mantenedores suelen responder en 1 día