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Benchmarking analysis of data integration tools

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Reference mapping for single-cell genomics

Jupyter Notebook · 410 estrellas
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Electronic Health Record Analysis with Python.

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Conversion between scRNA-seq objects

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Modeling complex perturbations with CellFlow

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Convert between AnnData and SingleCellExperiment

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Weakly supervised learning uncovers phenotypic signatures in single-cell data

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Contrastive pre-training for technology-agnostic single-cell representations beyond reconstruction

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Python · 36 estrellas
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Multigrate: multiomic data integration for single-cell genomics

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LoRA finetuned LLM for single cell genomics research

Python · 31 estrellas
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Python · 22 estrellas
ReconEval
Benchmarking for gene expression from single cell latent representations

Jupyter Notebook · 21 estrellas
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Scalable framework for integrating single-cell omics with genetic data using AnnData.

Python · 21 estrellas
geome

Python · 17 estrellas
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Para principiantes Todo

Abierto Todos

sparse.COO support for harmonize_missing_values and infer_feature_types Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 48/100

theislab/ehrdata#305 · Abierto el 18/9/2026
write_h5ed cannot write the output of io.omop.setup_obs Abierto

theislab/ehrdata#303 · 1 asignado · Abierto el 14/9/2026
`ep.pl.timeseries` and `ep.pl.variable_correlations` don't support the default `.X` storage for 3D data Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 78/100

theislab/ehrapy#1119 · 1 reacción · Abierto el 8/9/2026
Add the imputation notebook to the notebook CI checks Abierto

theislab/ehrapy#1118 · 1 comentario · 1 asignado · Abierto el 8/9/2026
`mcar_test(method="little")` diverges from pyampute's reference Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 78/100

theislab/ehrapy#1110 · 1 reacción · Abierto el 31/8/2026
Move to cloudflare pages Abierto

enhancement

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

theislab/single-cell-best-practices#480 · Abierto el 29/8/2026
readH5AD Uninitialised Variable Abierto

theislab/zellkonverter#163 · 5 comentarios · 1 asignado · Abierto el 27/8/2026
Single-cell Transcriptomic Atlas for Adult Human Retina fixupDN Error Abierto

theislab/zellkonverter#162 · 5 comentarios · 1 asignado · Abierto el 26/8/2026
PBMCpedia Import Using readH5AD Crashes R Abierto

theislab/zellkonverter#161 · 5 comentarios · 1 asignado · Abierto el 25/8/2026
GraphOTTOutput.transport_matrix returns the expanded (n+m)² matrix, not the (n, m) block Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 64/100

theislab/moscot#847 · Abierto el 24/8/2026
GSEA figure Abierto

enhancement

theislab/single-cell-best-practices#460 · 1 reacción · 1 asignado · Abierto el 13/8/2026
ehrapy.pl wrappers are incompatible with scanpy's scanpy-v2-preview preset (scanpy 1.13.0a1) Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 55/100

theislab/ehrapy#1102 · Abierto el 13/8/2026
Own the port comparison here: squidpy no longer replays the reference bundle Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 38/100

theislab/squidpy-ports#1 · Abierto el 11/8/2026
Release an updated PDF version of the book Abierto

enhancement

theislab/single-cell-best-practices#458 · 3 comentarios · 1 asignado · Abierto el 6/8/2026
Remove unecessary abstractions in `data` module. Abierto

bug

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 38/100

theislab/sckitflow#155 · Abierto el 4/8/2026
Docstring doesn't match manuscript's method: metric_energy_distance Abierto

Dificultad 1/5 Menos de una hora Aptitud para principiantes 78/100

theislab/ReconEval#4 · 1 comentario · Abierto el 3/8/2026
write_continuous_cond_cov_to_step_data fails when StepData carries a plain dict of conditions Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 58/100

theislab/sckitflow#146 · Abierto el 31/7/2026
ot_quadratic_coupling rejects the optional linear terms when they are None Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 88/100

theislab/sckitflow#145 · Abierto el 31/7/2026
SetEncoder: covariate validation raises ValueError, leaves 'No condition covariate found' unreachable Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 58/100

theislab/sckitflow#144 · Abierto el 31/7/2026
SetEncoder: covariates excluded from pooling keep the set axis Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 72/100

theislab/sckitflow#143 · Abierto el 31/7/2026
callbacks have weak contracts Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

theislab/sckitflow#142 · Abierto el 31/7/2026
make data containers typed dict Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

theislab/sckitflow#136 · Abierto el 30/7/2026
decide where preprocessing should belong Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 20/100

theislab/sckitflow#132 · Abierto el 29/7/2026
we don't need adata in compile_adata because only obs is enough Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

theislab/sckitflow#130 · Abierto el 29/7/2026
don't make preprocessing part of the training loop Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 28/100

theislab/sckitflow#126 · Abierto el 29/7/2026
feature: cross dataset training interface changes Abierto

enhancement

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

theislab/sckitflow#124 · Abierto el 28/7/2026
PolyForm license in pyproject.toml Abierto

bug

Dificultad 1/5 Menos de una hora Aptitud para principiantes 68/100

theislab/CellFlow#311 · Abierto el 27/7/2026
being able to load in memory per path Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 48/100

theislab/scfit#2 · Abierto el 26/7/2026
no random default state for PCA Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 48/100

theislab/scConcept_rep#7 · 1 comentario · Abierto el 21/7/2026
Numpy and Pandas Conflict Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 42/100

theislab/scarches#284 · Abierto el 16/7/2026
Documentation update: replace .layers["tem_data"] with `.X` Abierto

theislab/ehrapy#1093 · 1 reacción · 1 asignado · Abierto el 14/7/2026
`X_name` argument ignored in `readH5AD` if `reader = "R"` Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 62/100

theislab/zellkonverter#160 · 1 comentario · Abierto el 8/7/2026
why are three cytokines removed while loading DGE results Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 45/100

theislab/huCIRA#33 · Abierto el 3/7/2026
Data Integration Needs Cancer Section Abierto

enhancement

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

theislab/single-cell-best-practices#450 · 1 comentario · 1 reacción · Abierto el 29/6/2026
Pip install error Abierto

bug

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

theislab/embpy#38 · 1 comentario · Abierto el 23/6/2026
Add scIB Abierto

enhancement

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

theislab/embpy#37 · Abierto el 23/6/2026
Release Abierto

theislab/cellink#124 · 4 comentarios · 1 asignado · Abierto el 22/6/2026
Fix docs build Abierto

bug

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 45/100

theislab/embpy#36 · Abierto el 17/6/2026
Subsetting scConcept embeddings Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

theislab/scConcept#22 · Abierto el 16/6/2026
Installation Instruction Abierto

bug

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 45/100

theislab/embpy#35 · Abierto el 15/6/2026
Request: Chinese translation mirror for single-cell best practices Abierto

theislab/single-cell-best-practices#447 · 13 comentarios · 2 asignados · Abierto el 13/6/2026
scConcept models as safetensors Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 52/100

theislab/scConcept#21 · 1 comentario · Abierto el 8/6/2026
add blablador models Abierto

enhancement

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

theislab/embpy#34 · Abierto el 8/6/2026
ott-jax incompatible with JAX >= 0.9 (is_vmappable removed) — online/batched OT broken Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 68/100

theislab/moscot#842 · 1 comentario · Abierto el 5/6/2026
Define Tranformations for Coupling data. Abierto

enhancement good first issue

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

theislab/sckitflow#106 · Abierto el 4/6/2026
Consider the application of transformations by default. Abierto

enhancement help wanted question

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

theislab/sckitflow#105 · Abierto el 4/6/2026
Missing environment in IR chapter Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 48/100

theislab/single-cell-best-practices#439 · 1 comentario · Abierto el 1/6/2026
Allow sampling all nodes in the `Sampler` class. Abierto

enhancement good first issue

theislab/sckitflow#104 · 1 asignado · Abierto el 28/5/2026
Allow arbitrary maximum time for sampling in `CFM`. Abierto

enhancement good first issue

theislab/sckitflow#103 · 1 asignado · Abierto el 28/5/2026
Allow batching predictions over nodes. Abierto

enhancement good first issue

theislab/sckitflow#102 · 1 asignado · Abierto el 26/5/2026

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