snakemake

Las issues en las que quizá ya trabaja alguien aparecen al final. Ordenar todo por fecha

• Jobs grouped via `group-components` run one after another inside the allocation

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  Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 52/100

  snakemake/snakemake-executor-plugin-slurm#495 · Abierto el 12/10/2026

• --conda-cleanup-envs removes the environments the workflow is using, not the unused ones

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  Dificultad 3/5 Medio día Aptitud para principiantes 42/100

  snakemake/snakemake#4335 · Abierto el 9/10/2026

  Los mantenedores suelen responder en 9 días

• Snakefile location?

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  snakemake/snakemake-report-plugin-rocrate#13 · Abierto el 9/10/2026

• Logging does not work properly

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  snakemake/snakemake-executor-plugin-slurm#490 · 2 comentarios · Abierto el 5/10/2026

• Output a summary of all input and output files (or patterns) referred to by a workflow

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  Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

  snakemake/snakemake#4321 · 4 comentarios · Abierto el 22/9/2026

  Los mantenedores suelen responder en 9 días

• NODE_FAIL handling adds None assigned to node exclusions, breaking subsequent submissions

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  snakemake/snakemake-executor-plugin-slurm#485 · 3 comentarios · Abierto el 22/9/2026

• Importing `parse` breaks module import

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  Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 68/100

  snakemake/snakemake#4320 · 4 comentarios · Abierto el 20/9/2026

  Los mantenedores suelen responder en 9 días

• Minio not available on dockerhub, switch to silo

  Quizá libre de nuevo Un pull request para esta issue se cerró sin fusionarse. Abierto

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  Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 74/100

  snakemake/snakemake#4316 · Abierto el 17/9/2026

  Los mantenedores suelen responder en 9 días

• Roadmap: editor in Frankfurt

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  Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

  snakemake/snakemake-hpc-teaching-material#38 · Abierto el 16/9/2026

• Actually run snakemake

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  snakemake/snakemake-lang-vscode-plugin#57 · Abierto el 15/9/2026

• 0.6.1: dropping `SLURM_CONF` from the nested `srun` environment breaks every job step on clusters with a non-default config path

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  snakemake/snakemake-executor-plugin-slurm-jobstep#54 · 1 comentario · Abierto el 6/9/2026

• Publishing snakemake-software-deployment plugin for EESSI

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  snakemake/snakemake#4304 · Abierto el 2/9/2026

  Los mantenedores suelen responder en 9 días

• config KeyError for unused rules

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  Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 50/100

  snakemake/snakemake#4303 · Abierto el 1/9/2026

  Los mantenedores suelen responder en 9 días

• Estimate energy consumption and CO2 emissions of workflow runs

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  Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

  snakemake/snakemake#4295 · 1 reacción · Abierto el 26/8/2026

  Los mantenedores suelen responder en 9 días

• Usage of old wrapers leading to TypeError for snakemake > 9.17.3

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  Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 55/100

  snakemake/snakemake#4287 · 1 comentario · Abierto el 22/8/2026

  Los mantenedores suelen responder en 9 días

• RuntimeWarning: coroutine 'InputFiles._predicated_size_files.<locals>.sizes' was never awaited

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  Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

  snakemake/snakemake#4280 · Abierto el 17/8/2026

  Los mantenedores suelen responder en 9 días

• Raise an error, if a --workflow-profile directory does not exist

  Quizá libre de nuevo @cmeesters la tomó hace 62 días y no hay ningún pull request abierto. Abierto

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  snakemake/snakemake#4276 · 1 asignado · Abierto el 13/8/2026

  Los mantenedores suelen responder en 9 días

• workdir keyword is not properly working

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  snakemake/snakemake#4271 · Abierto el 7/8/2026

  Los mantenedores suelen responder en 9 días

• 0.6.1: dropping `SLURM_MEM_PER_CPU` from the nested `srun` environment makes steps fall back to `DefMemPerCPU` and get OOM-killed

  Abierto

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  snakemake/snakemake-executor-plugin-slurm-jobstep#53 · 2 comentarios · Abierto el 5/8/2026

• force() flag as opposite to ancient()

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  Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 38/100

  snakemake/snakemake#4254 · Abierto el 23/7/2026

  Los mantenedores suelen responder en 9 días

• Logging error with groups - KeyError: 'name'

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  Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 58/100

  snakemake/snakemake#4248 · 3 comentarios · Abierto el 16/7/2026

  Los mantenedores suelen responder en 9 días

• kernel directive to specify notebook kernel

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  Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

  snakemake/snakemake#4243 · Abierto el 10/7/2026

  Los mantenedores suelen responder en 9 días

• Allow notebook directive to save copy as output

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  snakemake/snakemake#4242 · Abierto el 10/7/2026

  Los mantenedores suelen responder en 9 días

• Slow job scheduling on high-latency filesystems

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  snakemake/snakemake#4240 · 5 comentarios · Abierto el 9/7/2026

  Los mantenedores suelen responder en 9 días

• Allow use of SLURM defaults instead of plugin defaults

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  snakemake/snakemake-executor-plugin-slurm#475 · 4 comentarios · Abierto el 7/7/2026

• Overwriting a rule from a module messes up the workflow

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  Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 72/100

  snakemake/snakemake#4238 · 1 comentario · Abierto el 3/7/2026

  Los mantenedores suelen responder en 9 días

• Use workflow ID as slurm UUID

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  snakemake/snakemake-executor-plugin-slurm#474 · 1 comentario · Abierto el 3/7/2026

• Array-job mode leaks scheduler -j slots and deadlocks ("Selected jobs: 0" with many ready jobs)

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  snakemake/snakemake-executor-plugin-slurm#473 · 3 comentarios · Abierto el 3/7/2026

• Ideas for future database set-up

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  enhancement help wanted question

  Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

  snakemake/snakemake-workflow-catalog#86 · 3 comentarios · Abierto el 24/6/2026

• Notebooks paths are made absolute and cannot be linked to upstream rules anymore

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  snakemake/snakemake#4236 · 1 comentario · Abierto el 22/6/2026

  Los mantenedores suelen responder en 9 días

• `--print-compilation` ignores SyntaxErrors

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  snakemake/snakemake#4235 · 1 comentario · Abierto el 19/6/2026

  Los mantenedores suelen responder en 9 días

• Unexpected interaction between local() inputs, Slurm execution, and FS staging

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  Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 45/100

  snakemake/snakemake#4233 · Abierto el 18/6/2026

  Los mantenedores suelen responder en 9 días

• Unexpected interaction between local() inputs, Slurm execution, and fs staging in Snakemake

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  snakemake/snakemake-executor-plugin-slurm#471 · Abierto el 17/6/2026

• Unable to obtain modification time of a dropped file (datalad/git-annex)

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  snakemake/snakemake#4229 · 1 comentario · Abierto el 13/6/2026

  Los mantenedores suelen responder en 9 días

• how to launch containerized snakemake that submits jobscripts using the same container

  Abierto

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  snakemake/snakemake#4226 · Abierto el 10/6/2026

  Los mantenedores suelen responder en 9 días

• fix for benchmark when rule using run clause reports no stats

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  Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 76/100

  snakemake/snakemake#4224 · Abierto el 10/6/2026

  Los mantenedores suelen responder en 9 días

• Group jobs run sequentially on Slurm

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  snakemake/snakemake-executor-plugin-slurm#469 · 2 comentarios · Abierto el 9/6/2026

• perf: snakemake dry-run spends most wall-clock on conda verification and eager module imports

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  snakemake/snakemake#4220 · 1 comentario · Abierto el 6/6/2026

  Los mantenedores suelen responder en 9 días

• Economize slurm RPC calls, omit srun from jobstep plugin?

  Abierto

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  snakemake/snakemake-executor-plugin-slurm#467 · 1 comentario · Abierto el 5/6/2026

• Remote scripts do not trigger job re-execution when updated

  Abierto

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  Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 72/100

  snakemake/snakemake#4217 · Abierto el 4/6/2026

  Los mantenedores suelen responder en 9 días

• Race condition in output_mintime with temp inputs may give an error

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  snakemake/snakemake#4213 · Abierto el 2/6/2026

  Los mantenedores suelen responder en 9 días

• Dry-run crashes with KeyError when a checkpoint-driven grouped job is present

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  snakemake/snakemake#4202 · 1 comentario · Abierto el 25/5/2026

  Los mantenedores suelen responder en 9 días

• Dry-run crashes with KeyError when a checkpoint-driven grouped job is present

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  snakemake/snakemake-executor-plugin-slurm#463 · 3 comentarios · Abierto el 25/5/2026

• Installing via bioconda installs incompatible version of slurm-jobstep executor

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  snakemake/snakemake-executor-plugin-slurm#461 · 5 comentarios · Abierto el 20/5/2026

• Skills for claude code

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  Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

  snakemake/snakemake#4198 · 10 comentarios · 1 reacción · Abierto el 20/5/2026

  Los mantenedores suelen responder en 9 días

• Add support for marimo notebooks

  Quizá libre de nuevo Un pull request para esta issue se cerró sin fusionarse. Abierto

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  Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 20/100

  snakemake/snakemake#4195 · 1 comentario · 2 reacciones · Abierto el 19/5/2026

  Los mantenedores suelen responder en 9 días

• Unexpexted behavior with multiple GPUs

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  snakemake/snakemake-executor-plugin-slurm#459 · 7 comentarios · Abierto el 11/5/2026

• Support batching many short jobs into a single serial SLURM submission without inflating resource requests

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  snakemake/snakemake-executor-plugin-slurm#458 · 2 comentarios · Abierto el 7/5/2026

• workdir directive no longer affects .snakemake log directory placement when placed inside snakefile (regression from 9.9.0)

  Quizá libre de nuevo @cademirch la tomó hace 143 días y no hay ningún pull request abierto. Abierto

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  snakemake/snakemake#4188 · 1 comentario · 1 asignado · Abierto el 7/5/2026

  Los mantenedores suelen responder en 9 días

• New directive `metarule` to composable sub-DAG units with explicit I/O interfaces

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  Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

  snakemake/snakemake#4187 · 1 reacción · Abierto el 7/5/2026

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