Incremental Smiles Parsing + Sanitization improvements
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Evaluación
- Dificultad
- 4/5
- Tiempo estimado
- 3-5 días
- Aptitud para principiantes
- 35/100
- Tipo de issue
- Refactorización
- Claridad
- Necesita aclaración
- Estado de actividad
- Activo
- Stack tecnológico
- cpp
- Área
- performance
Línea de trabajo
Start with the benchmark code on the smiles-pipeline-benchmark branch and the supplied benchmark_cxsmiles.zip; the issue names no source files or tests. Compare the benchmark results with the rdkit-opt-everything branch and define one independently measurable hotspot improvement before contributing.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
Smiles Parsing + Sanitization doesn't have a single giant bottleneck, but has lots of individually contributing functions. Below is a flame graph of the non-legacy workflow measured on >100k Enamine REAL molecules.
Based on the flame graph hotspots, I had models look at anything that had > 1% total runtime for optimization opportunities and had them do a build/test/measure cycle. Got quite solid results, 13 valid changes (I've personally checked most of them) leading to a cumulative speedup of almost 20% e2e.
This is a tracking bug for a bunch of small PRs I plan to put up to make small improvements to the pipeline performance.
Reproducing Benchmarks:
Sampling of molecules used in the benchmark:
benchmark_cxsmiles.zip
Branches with just the benchmark code, and with all of the commits stacked
- Lenguaje dominante
- HTML
- Estrellas
- 3.6k
- Forks
- 1.1k
- Merge medio
- 3 d 8 h
- PR fusionados (30 d)
- 44
Guía de contribución
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
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