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pymc.dims does not impute missing (NaN) observed data

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Los mantenedores suelen responder en 1 día

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Evaluación

Dificultad
3/5
Tiempo estimado
1-2 días
Aptitud para principiantes
65/100
Tipo de issue
Error
Claridad
Bastante claro
Estado de actividad
Tranquilo
Stack tecnológico
python

Línea de trabajo

Comienza con la ruta de la distribución Normal de pymc.dims cuando un DataArray observado contiene NaNs, utilizando el modelo proporcionado y las llamadas a pmd.Normal como reproductor. Confirma que las entradas faltantes crean un RV de imputación y que m.compile_logp()(m.initial_point()) devuelve un valor finito para el ejemplo.

Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.

Descripción

dims feature request

Unlike pm.Normal, a pymc.dims distribution given an observed DataArray containing NaNs builds the model but returns a non-finite logp instead of creating an imputation RV for the missing entries.

import numpy as np
import xarray as xr
import pymc as pm
import pymc.dims as pmd

Y = xr.DataArray([[1.0, 2.0], [np.nan, 3.0]], dims=("a", "b"))
with pm.Model(coords={"a": [0, 1], "b": [0, 1]}) as m:
    a = pmd.Normal("a", 0, 1, dims="a")
    pmd.Normal("obs", a, 1.0, observed=Y, dims=("a", "b"))

m.compile_logp()(m.initial_point())  # nan
Lenguaje dominante
Python
Estrellas
9.8k
Forks
2.4k
Merge medio
1 d 1 h
PR fusionados (30 d)
12

Preparar el entorno

Primeros pasos

  1. Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
  2. Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
  3. Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
  4. Abre un pull request que haga referencia al número del issue.

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