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Abnormal color gradient observed when plotting using the dmr isoform command

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Evaluación

Dificultad
3/5
Tiempo estimado
1-2 días
Aptitud para principiantes
48/100
Tipo de issue
Error
Claridad
Bastante claro
Estado de actividad
Tranquilo
Stack tecnológico
rust
Área
bioinformatics

Línea de trabajo

Start by running the supplied modkit dmr isoform command with the shown inputs and compare the plotted colors with the reported percent_modified values. Trace the isoform plotting and color-scaling path; the issue is resolved when sites with high modification percentages are displayed with correspondingly high-value colors.

Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.

Descripción

troubleshooting

Hello,
Modkit team. I used the following command to plot the m⁶A modification levels of transcripts corresponding to specific genes (modkit v.0.6.4).

modkit dmr isoform \
  --gtf ~/genome/gencode.v48.annotation.gtf \
  --single-code "a" \
  --min-valid-coverage 5 \
  --marker-positions 48960898 \
  --gene-name BAX \
  --plot test-A498-BAX \
  ../merge.A498.bed.gz test.A498-BAX.bed

However, I found that the m⁶A sites in the results are almost all blue (In other words, the modification levels are all close to 0). But in my input file, the modification levels range from 0 to 1, so it is unlikely that all of them are below 0.5, right?

Image

I extracted some examples with relatively high modification levels.

#chrom  chromStart      chromEnd        name    score   strand  thickStart      thickEnd        color   valid_coverage  percent_modified count_modified   count_canonical count_other_mod count_delete    count_fail      count_diff      count_nocall
ENST00000502487.5|ENSG00000087088.21|BAX-206    627     628     m       15      +       627     628     255,0,0 15      60.00   9       600       20      0       0
ENST00000502487.5|ENSG00000087088.21|BAX-206    1296    1297    a       55      +       1296    1297    255,0,0 55      98.18   54      100       2       0       0
ENST00000345358.12|ENSG00000087088.21|BAX-202   651     652     a       1521    +       651     652     255,0,0 1521    97.24   1479    411       10      38      3       0
ENST00000513545.5|ENSG00000087088.21|BAX-210    716     717     a       119     +       716     717     255,0,0 119     94.12   112     702       2       1       0
ENST00000293288.12|ENSG00000087088.21|BAX-201   458     459     a       243     +       458     459     255,0,0 243     51.44   125     113       5       5       312     33      0
ENST00000293288.12|ENSG00000087088.21|BAX-201   1214    1215    a       674     +       1214    1215    255,0,0 674     97.63   658     151       3       21      3       0

So what could be causing this issue? If you have time, I would appreciate your advice. Thank you!

Best regards,
Rain
2026/07/27

Lenguaje dominante
Rust
Estrellas
276
Forks
33
Sin PR fusionados en 30 d

Preparar el entorno

Este proyecto no incluye contenedor de desarrollo, Dockerfile ni guía de contribución, así que la configuración corre por tu cuenta: empieza por su README y consulta nuestra guía para la primera contribución para los pasos generales.

Primeros pasos

  1. Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
  2. Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
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