Annovar v0.2 is problematic and needs a correction.
Nadie ha tomado este issue todavía.
Evaluación
- Dificultad
- 4/5
- Tiempo estimado
- 3-5 días
- Aptitud para principiantes
- 25/100
- Tipo de issue
- Error
- Claridad
- Necesita aclaración
- Estado de actividad
- Estancado
- Área
- bioinformatics
Línea de trabajo
Empieza leyendo Galaxy issue #4001 y los tres informes de Biostars enlazados para comprender los fallos de ANNOVAR v0.2. Investiga el comportamiento de VCF indicado en los informes y revisa la preocupación no confirmada sobre Tabular-input; el trabajo estará terminado cuando los casos de entrada afectados se hayan corregido y verificado frente a esos informes.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
Details here: https://github.com/galaxyproject/galaxy/issues/4001
The problem is not new and has been reported since the tool was updated (~18 months ago). Not only is VCF input a problem for some, but possibly also Tabular (note: usage-problems Tab input have not been specifically reviewed).
Biostars posts about how this is impacting users at Galaxy main:
- Lenguaje dominante
- Python
- Estrellas
- 37
- Forks
- 94
- Métricas de merge de PR
- Sin PR fusionados en 30 d
Preparar el entorno
- Sin Dockerfile ni archivo de Docker Compose
- Sin plantilla de pull request
- Leer la guía de contribución
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
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