Allow different types of species and reaction at surface

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Evaluación

Dificultad
5/5
Tiempo estimado
Más de una semana
Aptitud para principiantes
25/100
Tipo de issue
Nueva funcionalidad
Claridad
Bastante claro
Estado de actividad
Estancado
Stack tecnológico
python
Área
backend

Línea de trabajo

Empieza leyendo los puntos de entrada existentes de SurfaceReactionBC, Species y GasSpecies, así como el caso Depleting Source enlazado en el issue. Traza cómo se gestionan actualmente los reactivos, los productos, las presiones y los flujos antes de definir los parámetros adicionales de confinamiento. Se considera completado cuando las especies gaseosas y adsorbidas mezcladas funcionan en ambas direcciones de reacción, y las presiones calculadas dinámicamente están compatibles y cubiertas por pruebas.

Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.

Descripción

enhancement fenicsx

We would need to support surface reactions of the type:

A + B <-> C + D

Where both sides of the reaction can have gaseous or adsorbed species.

For example

T (ad) + H2O (g) <-> H (ad) + HTO (g)

import festim as F


T = F.Species("T")
H2O = F.GasSpecies("H2O", pressure=lambda t: 1e5 + t)
HTO = F.GasSpecies("HTO", dynamically_computed=True)
H = F.Species("H")

my_reaction = F.SurfaceReactionBC(
    reactant=[H2O, T],
    product=[HTO, H],
    k_r0=1e-6,
    E_kr=0.2,
    k_d0=1e-6,
    E_kd=0.2,
)

Assuming both rates $K$ and units are #/m2/s/(#/m-3)/Pa are equal, the fluxes are:

$$
J_T = K c_H P_{HTO} - K c_T P_{H2O}
$$

$$
J_H = K c_T P_{H2O} - K c_H P_{HTO}
$$

The flag dynamically_computed could be a way to simulate enclosures as in the Depleting Source case where the partial pressure of that species is dynamically computed from the flux. Although we would need additional parameters like surface area, volume of the enclosure, etc

Lenguaje dominante
Python
Estrellas
137
Forks
50
Merge medio
2 d 12 h
PR fusionados (30 d)
5

Preparar el entorno

  • Sin Dockerfile ni archivo de Docker Compose
  • Tiene una plantilla de pull request
  • Sin guía de contribución

Primeros pasos

  1. Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
  2. Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
  3. Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
  4. Abre un pull request que haga referencia al número del issue.

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