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Making neuroimaging open from the grounds (consent form) and up (tools)

Shell · 45 estrellas
git-annex
A non-official testing bed and distribution of git-annex established for CON & DataLad purposes. Official git-annex repository: https://g...

Python · 29 estrellas
tributors
Pay tribute to your contributors! A tool to automatically update contributor files.

Python · 14 estrellas
yolo
Use podman to safely run claude-code with permission bypass (YOLO mode)

Shell · 14 estrellas
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(Idea stage) Open-source platform for virtual&hybrid conferencing

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duct
A helper to run a command, capture stdout/stderr and details about running

Python · 12 estrellas
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Download build logs and artifacts from GitHub Actions, Travis, and Appveyor

Python · 10 estrellas
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Reorganize NWB files into a BIDS directory layout.

Python · 5 estrellas
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Website materials

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YouTube archive system using git-annex for efficient storage and incremental updates.

Python · 3 estrellas
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Discover and curate scholarly citations of articles, datasets and software.

Python · 2 estrellas
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All the resources and conText a new conScript needs, smushed together into a single doc.

2 estrellas
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Caching results of operations on heavy file trees

Python · 2 estrellas
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Anthropics claude-code skills for the CON masses

Python · 2 estrellas
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1 estrella
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Python · 1 estrella
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A positive "con job"

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GitHub mirror of http://datasets.datalad.org/?dir=/shub providing historical copy of containers from https://singularity-hub.org

Python · 1 estrella
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1 estrella
utils
Collection of utils from CON folks. Mostly quick&dirty helpers

Python · 1 estrella
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Para principiantes Todo

Abierto Todos

ReproNim AI @ MIT Oct 2026: STAMPED presentation Abierto

con/cierge#48 · 1 asignado · Abierto el 16/9/2026
play with mechababs run to gather performance Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 48/100

con/mechababs#161 · Abierto el 16/9/2026
Remains non-trivial to get interactive backend for plotting going Abierto

UX

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 68/100

con/duct#447 · 2 comentarios · Abierto el 16/9/2026
Plots are never regenerated in CI: mtime cache is meaningless on a fresh checkout Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 64/100

con/duct-gallery#5 · Abierto el 14/9/2026
COSYNE 2027: Submit abstract Abierto

conference dandi ember

con/cierge#47 · 1 comentario · 1 asignado · Abierto el 14/9/2026
use_cases.md: a story for `campaign init` at a superstudy that already carries campaigns Abierto

automation

Dificultad 1/5 Menos de una hora Aptitud para principiantes 92/100

con/mechababs#160 · Abierto el 14/9/2026
`test_the_member_hint_appears_only_for_a_member` fails when the checkout path contains "superstudy" Abierto

automation

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 88/100

con/mechababs#159 · Abierto el 14/9/2026
e2e: assert a clean tree after every command Abierto

automation

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 72/100

con/mechababs#158 · Abierto el 14/9/2026
Yarik (+Cody) Dartmouth iEEG talk Abierto

talk

con/cierge#46 · 2 asignados · Abierto el 14/9/2026
Improve Preview with some real videos (downscaled) Abierto

con/annextube#32 · 1 asignado · Abierto el 14/9/2026
Preflight git-annex and git on PATH at CLI entry, beside the venv check Abierto

automation

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 72/100

con/mechababs#157 · Abierto el 14/9/2026
Consider https://github.com/leej3/video-transcriber Abierto

con/annextube#31 · 1 comentario · 1 asignado · Abierto el 14/9/2026
Cross-session datasets: anat and func in different sessions defeat session-level selection and processing (ds001499, ds001506, ds004496, ds003020) Abierto

dataset decision pipeline:fmriprep

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

con/mechababs#156 · 2 comentarios · Abierto el 14/9/2026
fmriprep `DatasetLinks.raw` carries the per-job scratch abspath; should be the relative `sourcedata/raw` Abierto

babs-upstream pipeline:fmriprep provenance upstream-NOT-FILED

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

con/mechababs#155 · Abierto el 10/9/2026
Next steps Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 20/100

con/dev-centerforopenneuroscience.org#7 · Abierto el 9/9/2026
ds004884: MRIQC QI2 gets NaN on a defaced T1w with zeroed air (nipreps/mriqc#1402) Abierto

dataset pipeline:mriqc upstream

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 45/100

con/mechababs#153 · 2 comentarios · Abierto el 9/9/2026
ds005752: MRIQC dies on a T2w with "inhomogeneity-corrected data seem empty" (nipreps/mriqc#1406) Abierto

dataset pipeline:mriqc upstream

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

con/mechababs#152 · 1 comentario · Abierto el 9/9/2026
docs: evaluate a deploy token for subtree export Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

con/dev-centerforopenneuroscience.org#3 · Abierto el 9/9/2026
`status` and `iterate` re-run `babs status` per active cell with no `--no-refresh` and no progress Abierto

automation

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 68/100

con/mechababs#151 · Abierto el 8/9/2026
Get dev-centerforopenneuroscience.org going Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 30/100

con/dev-centerforopenneuroscience.org#1 · Abierto el 8/9/2026
fMRIPrep: mris_expand aborts with a buffer overflow when the nipype workdir path is long (FreeSurfer) Abierto

decision pipeline:fmriprep upstream

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

con/mechababs#150 · 5 comentarios · Abierto el 4/9/2026
John talks about skills packaging/distribution Abierto

con/cierge#45 · 1 comentario · 1 asignado · Abierto el 4/9/2026
Consider APM for this repo Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

con/skills#10 · 1 comentario · Abierto el 4/9/2026
`run_uv` gives the `env_constraints` advice for a path/git-source build failure Abierto

automation

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 82/100

con/mechababs#149 · Abierto el 4/9/2026
A superstudy's members should be placeable under a subdirectory, not only at its root Abierto

automation decision

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 50/100

con/mechababs#148 · Abierto el 4/9/2026
e2e: the ReproNim/containers clone should be an optional cache, not a prerequisite Abierto

automation

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 55/100

con/mechababs#147 · Abierto el 4/9/2026
Drop the temporary datalad pin once a release carries datalad/datalad#7904 Abierto

automation blocked upstream

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 52/100

con/mechababs#146 · 1 comentario · Abierto el 4/9/2026
`mechababs jobs` needs a `has_results` column Abierto

automation

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 75/100

con/mechababs#145 · Abierto el 4/9/2026
`merge` should save its own study-level facts so datalad's generic aux commit does not arise Abierto

automation provenance

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 72/100

con/mechababs#144 · Abierto el 4/9/2026
`drop-dataset`: there is no way to undo `add-dataset` Abierto

automation decision

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 28/100

con/mechababs#143 · Abierto el 4/9/2026
importfeed: wrong "from" annotation when feed has no title (regression in 10.20260901) Abierto

ai-uncurated bug git-annex regression

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 84/100

con/git-annex#291 · Abierto el 4/9/2026
WebDAV remote hangs permanently after credential error (regression in 10.20260901) Abierto

ai-uncurated bug git-annex regression severity-important

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 72/100

con/git-annex#290 · Abierto el 4/9/2026
Introduce AI related annotations to /introduce-reuse-compliance Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

con/skills#8 · Abierto el 3/9/2026
Add eval-under-virtiofs Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 38/100

con/eval-under#9 · Abierto el 31/8/2026
Add running some basic sqlite3 tests Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 55/100

con/eval-under#8 · Abierto el 31/8/2026
US RSE 2026: poster "Agent-friendly Provenance Capture with `con-duct`" Abierto

con/cierge#44 · 1 asignado · Abierto el 28/8/2026
US RSE 2026: poster "Beyond the Lab Website: Reusing Structured Research Metadata Across Lab Operations" Abierto

con/cierge#43 · 2 asignados · Abierto el 28/8/2026
US RSE 2026: poster "STAMPED in Practice: Reproducing a Scientific Result Using ABCD Neuroimaging Data" Abierto

con/cierge#42 · 1 asignado · Abierto el 28/8/2026
Retire $JOB_TMP: the container /tmp bind should not need a cluster-axis variable Abierto

automation generalize

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 48/100

con/mechababs#125 · 3 comentarios · Abierto el 26/8/2026
mechababs aggregate Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 28/100

con/mechababs#123 · Abierto el 24/8/2026
Simplify `Run datalad tests` step — `-c $toxini` no longer needed for datalad's pytest config Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 55/100

con/git-annex#289 · Abierto el 24/8/2026
`git annex test` still fails on BeeGFS: `renamePath ... resource busy` in the export tests Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 48/100

con/git-annex#288 · Abierto el 22/8/2026
Mark known to be failing matrix runs as xfails and avoid announcing them Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

con/eval-under#4 · Abierto el 21/8/2026
Growing a campaign's app bundle mid-campaign — deferred by design Abierto

fuzzy/slop

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 20/100

con/mechababs#116 · Abierto el 21/8/2026
Publish mechababs to PyPI Abierto

automation

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 55/100

con/mechababs#113 · Abierto el 20/8/2026
Store CLI invocation used to produce yolo image within yolo image Abierto

con/yolo#77 · 1 reacción · 2 asignados · Abierto el 20/8/2026
Sfn 2026: Brain Initiative Toolmakers? Abierto

brain initiative conference

con/cierge#41 · 1 comentario · 1 asignado · Abierto el 19/8/2026
OHBM 2027 Abierto

conference

con/cierge#40 · 1 comentario · 1 asignado · Abierto el 19/8/2026
US RSE 2026: CON talk slides Abierto

con/cierge#39 · 1 asignado · Abierto el 17/8/2026
US RSE 2026: CON talk final'camera ready' title/athors/abstract Abierto

con/cierge#38 · 1 asignado · Abierto el 17/8/2026

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