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  • Support for sylph v1.0.0 (incl. two-stage `.syl2db` databases)
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    external

    Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 12/100

    althonos/pysylph#3 · 4 comentarios ·

  • Add ARM wheels to PyPi
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?

    Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 42/100

    althonos/pyinfernal#5 ·

  • Support ambiguous amino acids
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?

    Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 48/100

    althonos/pyrodigal#82 ·

  • # Sequences with residues outside `FAMSA_ALPHABET` are rejected, and decoding one writes out of bounds Tested against `v0.7.0`, FAMSA `v2.5.2`.
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?

    Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 48/100

    althonos/pyfamsa#10 ·

  • profile() silently returns an empty sequence when window exceeds peptide length
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?

    Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

    althonos/peptides.py#9 ·

  • @amypickard.x
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?

    Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 10/100

    althonos/InstaLooter#377 · 1 comentario ·

  • Windows compatibility
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?

    Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

    althonos/pyinfernal#2 ·

  • [Feature Request] - Add ability to modify sketch names
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    enhancement question

    Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 72/100

    althonos/pysylph#2 · 1 comentario ·

  • Adding lightmotif to Bioconda
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?

    Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

    althonos/lightmotif#10 · 6 comentarios ·

  • Asterisks makes trimming fail
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?

    Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 72/100

    althonos/pytrimal#8 ·

  • HMM model load speed
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    question

    Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 45/100

    althonos/pyhmmer#101 · 2 comentarios ·

  • What is the best way to "fetch" a particular HMM name from a massive pHMM file using `pyhmmer`?
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?

    Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

    althonos/pyhmmer#100 · 2 comentarios ·

  • cmbuild from pyinfernal?
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?

    Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

    althonos/pyinfernal#1 ·

  • Genes with internal stop codons predicted from ambiguous bases
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    enhancement

    Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 42/100

    althonos/pyrodigal#80 ·

  • Paramiko version inconsistency
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?

    Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 48/100

    althonos/fs.sshfs#62 ·

  • [Question] How to set number of threads for hmmbuild?
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    enhancement

    Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 25/100

    althonos/pyhmmer#98 · 2 comentarios ·

  • Handling complex coordinates
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?

    Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 25/100

    althonos/pyaragorn#3 ·

  • Add RBS feature line
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    enhancement

    Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 38/100

    althonos/pyrodigal#78 · 1 comentario · 1 reacción ·

  • Pyrodigal misses a valid CDS in the input FASTA file
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    external

    Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 38/100

    althonos/pyrodigal#75 · 1 comentario ·

  • Incorporating a pyrrolysine-encoding translation table (34) into pyrodigal
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    enhancement

    Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

    althonos/pyrodigal#74 · 1 comentario ·

  • Load PFM/PWM
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    enhancement

    Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

    althonos/lightmotif#9 · 1 comentario ·

  • Stockholm input format
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    enhancement

    Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 20/100

    althonos/pytrimal#4 · 5 comentarios ·

  • OBO SyntaxError on backslash in xref
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?

    Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

    althonos/pronto#236 · 2 comentarios · 2 reacciones ·

  • corresponding ORF not called in different isolates despite identical sequence
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    external

    Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 38/100

    althonos/pyrodigal#68 ·

  • Question about extract columns from hmmsearch domain output
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    question

    Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 25/100

    althonos/pyhmmer#82 · 1 comentario ·

  • Support for circular sequences
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    enhancement

    Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 28/100

    althonos/pyrodigal#67 · 1 comentario ·

  • support detection of RBS across linear chromosome breakpoint ?
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    enhancement

    Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

    althonos/pyrodigal#65 · 20 comentarios · 2 reacciones ·

  • Enforce start codon in pyrodigal ORF prediction
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    enhancement

    Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 42/100

    althonos/pyrodigal#64 · 3 comentarios ·

  • Whether muscle uses multiple threads
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?

    Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

    althonos/pymuscle5#3 ·

  • is instalooter dead project
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?

    Dificultad 1/5 Menos de una hora Aptitud para principiantes 10/100

    althonos/InstaLooter#374 · 1 comentario ·

  • Invalid background frequencies
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    question

    Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

    althonos/lightmotif#7 · 3 comentarios ·

  • Running the hmmsearch
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    question

    Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

    althonos/pyhmmer#79 · 3 comentarios ·

  • Authentication via Kerberos ticket?
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?

    Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 20/100

    althonos/fs.smbfs#41 ·

  • TypeError when trying to initialise Alignment object using positional argument.
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    question

    Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

    althonos/pyfamsa#6 · 4 comentarios ·

  • Rust API
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    question

    Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

    althonos/pymuscle5#2 · 1 comentario ·

  • Parameter to remove insert column in `hmmalign`
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    enhancement

    Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 30/100

    althonos/pyhmmer#74 ·

  • Return a single TopHits object when passing a single hmm to hmmsearch
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    enhancement question

    Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

    althonos/pyhmmer#73 ·

  • Adding annotations to synonym type declarations yields KeyError: '{http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#}resource
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    bug

    Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 42/100

    althonos/pronto#230 · 1 comentario ·

  • BUG: `plan7.HMM.validate()` fails to raise exceptions with ill formatted hmm profiles
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    bug external

    Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

    althonos/pyhmmer#69 · 1 comentario ·

  • isa: DANGLING:123 causes parse error
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    bug

    Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

    althonos/pronto#226 · 4 comentarios ·

  • Support dangling classes
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?

    Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

    althonos/pronto#225 · 1 reacción ·

  • Use stricter paths when referring to items
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?

    Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 42/100

    althonos/blanket#14 ·

  • Apply cutoffs for domains
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    bug question

    Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

    althonos/pyhmmer#65 · 5 comentarios ·

  • Guess bit_cutoffs in hmmsearch
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    enhancement

    Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

    althonos/pyhmmer#64 · 1 reacción ·

  • How to get cross-references descriptions?
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    question

    Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 25/100

    althonos/pronto#220 · 1 comentario ·

  • blanket 0.4 + async-trait don't work together
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?

    Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 45/100

    althonos/blanket#13 ·

  • An error of type -10810 has occurred. Can't get application chome / firefox (-1728)
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?

    Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 30/100

    althonos/InstaLooter#373 ·

  • can someone help me?
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?

    Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 20/100

    althonos/InstaLooter#372 ·

  • cannot reproduce example for ```pyhmmer.hmmer.hmmsearch```
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    question

    Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 25/100

    althonos/pyhmmer#58 · 1 comentario ·

  • add ORGANISM label to GBK output
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    question

    Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 25/100

    althonos/pyrodigal#45 · 1 comentario ·

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