ARC didn't find a correct conformer for a singlet carbene species
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Evaluación
- Dificultad
- 4/5
- Tiempo estimado
- 3-5 días
- Aptitud para principiantes
- 35/100
Línea de trabajo
Comienza reproduciendo el issue #700 con el SMILES y la lista de adyacencia proporcionados; después, compara las coordenadas generadas con la geometría lineal esperada. Sigue la ruta de generación de conformers utilizada para esta especie de carbeno singlete. Se considera terminado cuando ARC encuentra y devuelve un conformer correcto con la geometría esperada.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
The species is:
Smiles: CCCC=CC[C]C=O
adjlist:
1 O u0 p2 c0 {8,D}
2 C u0 p0 c0 {3,S} {5,S} {10,S} {11,S}
3 C u0 p0 c0 {2,S} {6,S} {12,S} {13,S}
4 C u0 p0 c0 {7,S} {9,S} {14,S} {15,S}
5 C u0 p0 c0 {2,S} {16,S} {17,S} {18,S}
6 C u0 p0 c0 {3,S} {7,D} {19,S}
7 C u0 p0 c0 {4,S} {6,D} {20,S}
8 C u0 p0 c0 {1,D} {9,S} {21,S}
9 C u0 p1 c0 {4,S} {8,S}
10 H u0 p0 c0 {2,S}
11 H u0 p0 c0 {2,S}
12 H u0 p0 c0 {3,S}
13 H u0 p0 c0 {3,S}
14 H u0 p0 c0 {4,S}
15 H u0 p0 c0 {4,S}
16 H u0 p0 c0 {5,S}
17 H u0 p0 c0 {5,S}
18 H u0 p0 c0 {5,S}
19 H u0 p0 c0 {6,S}
20 H u0 p0 c0 {7,S}
21 H u0 p0 c0 {8,S}
We expected to get a linear geometry:
But got:
O 1.35356100 -2.04187600 -0.27751400
C -1.66813300 -0.61628700 0.36007000
C -0.88428900 0.26015900 -0.62633800
C 2.50264900 1.51850400 0.21895400
C -2.89996100 -1.26465400 -0.27629700
C 0.29557000 0.96714800 0.01116200
C 1.45071300 1.42849700 -0.82461700
C 2.07072500 -1.07058000 -0.16582800
C 1.63488300 0.28123000 0.16956100
H -1.97601000 -0.00811600 1.21948400
H -0.99715000 -1.39131700 0.73916300
H -0.53981600 -0.35715300 -1.46151200
H -1.55178600 1.02271800 -1.04707500
H 2.35964100 2.19995200 1.05689000
H 3.53495600 1.41092800 -0.10274500
H -3.43976800 -1.88219100 0.44642200
H -2.61580000 -1.90890700 -1.11384300
H -3.59778100 -0.51151900 -0.65688400
H 0.02304000 1.62941700 0.83723200
H 1.57229400 1.34849200 -1.89467900
H 3.17073700 -1.15771700 -0.31276600
which looks like this:
- Lenguaje dominante
- Python
- Estrellas
- 51
- Forks
- 25
- Merge medio
- 4 d 17 h
- PR fusionados (30 d)
- 3
Preparar el entorno
- Incluye un Dockerfile o un archivo de Docker Compose
- Sin plantilla de pull request
- Sin guía de contribución
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
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