Research faster Cox model routines
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Evaluación
- Dificultad
- 5/5
- Tiempo estimado
- Más de una semana
- Aptitud para principiantes
- 18/100
- Tipo de issue
- Nueva funcionalidad
- Claridad
- Necesita aclaración
- Estado de actividad
- Activo
- Área
- performance
Línea de trabajo
The issue names no file. The starting point is the survival::coxph call with a Surv formula and strata() term, which the package calls to get coefficients. Benchmark that call against a candidate .Call C routine, then check the coefficients match survival bit for bit. The scope of the routine and the API shape are still open questions for maintainers.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
From https://github.com/Merck/simtrial/issues/382#issuecomment-6151357774. Speed optimization room might exist for certain calls using functions from {survival}, such as:
survival::coxph(Surv(tte, event) ~ (treatment == "experimental") + strata(stratum), data = d)$coefficients
For example, this could be a direct .Call to a custom, bare metal C routine to cover the exact code paths used by the package while removing the irrelevant logic, while bitwise reproducing {survival} results.
Supporting certain "grammar" (syntax sugar) like survival did (formula interface, etc.) might slow things down for pure speed purposes, but it doesn't mean we should stop trying make good API designs even for bare metal underlying routines.
- Lenguaje dominante
- R
- Estrellas
- 41
- Forks
- 14
- Merge medio
- 12 h 56 min
- PR fusionados (30 d)
- 2
Preparar el entorno
Este proyecto no incluye contenedor de desarrollo, Dockerfile ni guía de contribución, así que la configuración corre por tu cuenta: empieza por su README y consulta nuestra guía para la primera contribución para los pasos generales.
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
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