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ERROR: LoadError: (2): File not found

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Evaluación

Dificultad
3/5
Tiempo estimado
1-2 días
Aptitud para principiantes
35/100
Tipo de issue
Error
Claridad
Bastante claro
Estado de actividad
Estancado
Stack tecnológico
julia, mysql
Área
databases

Línea de trabajo

Comience con src/PubMed/pubmed_sql_utils.jl:482, llamado desde src/PubMed/eutils_sql_save.jl:25, e inspeccione cómo se pasa la ruta CSV a MySQL en Windows. Reproduzca la llamada a save_efetch! con la configuración de Windows mostrada y compare la ruta generada con el comportamiento existente en macOS. Se considera terminado cuando los 15 artículos se pueden guardar en Windows sin el error de archivo no encontrado.

Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.

Descripción

Hey I am trying to run the following the save.efetch function in Julia v1.4.0. On Windows 10.

When I attempt to run this code:
BioMedQuery.PubMed.save_efetch!(conn, efetch_doc, true, true)

I get the following error:

Saving 15 articles to database
┌ Warning: getindex(df::DataFrame, col_ind::ColumnIndex) is deprecated, use df[!, col_ind] instead.
│ caller = select_columns(::MySQL.Connection, ::String) at mysql_db_utils.jl:62
└ @ BioMedQuery.DBUtils C:\Users\antho.julia\packages\BioMedQuery\K4kwC\src\DBUtils\mysql_db_utils.jl:62
ERROR: LoadError: (2): File 'C:UsersanthoDocumentsMachine_LearningWork2020-04-17_PubMed_basic.csv' not found (Errcode: 2)
Stacktrace:
[1] execute!(::MySQL.Connection, ::String) at C:\Users\antho.julia\packages\MySQL\R2gKS\src\MySQL.jl:84
[2] db_insert!(::MySQL.Connection, ::Dict{String,DataFrame}, ::String, ::String; verbose::Bool, drop_csv::Bool) at C:\Users\antho.julia\packages\BioMedQuery\K4kwC\src\PubMed\pubmed_sql_utils.jl:482
[3] save_efetch!(::MySQL.Connection, ::XMLElement, ::Bool, ::Bool) at C:\Users\antho.julia\packages\BioMedQuery\K4kwC\src\PubMed\eutils_sql_save.jl:25
[4] create_mysql_pubmed_db(::String, ::String, ::XMLElement) at C:\Users\antho\Documents\Machine_Learning\Work\collect_data.jl:132
[5] main() at C:\Users\antho\Documents\Machine_Learning\Work\collect_data.jl:604
[6] top-level scope at C:\Users\antho\Documents\Machine_Learning\Work\collect_data.jl:627
[7] include(::Module, ::String) at .\Base.jl:377
[8] exec_options(::Base.JLOptions) at .\client.jl:288
[9] _start() at .\client.jl:484
in expression starting at C:\Users\antho\Documents\Machine_Learning\Work\collect_data.jl:627

This code seems to work on MacOS however I have not been able to get this running on Windows.

Lenguaje dominante
Julia
Estrellas
19
Forks
9
Sin PR fusionados en 30 d

Preparar el entorno

Este proyecto no incluye contenedor de desarrollo, Dockerfile ni guía de contribución, así que la configuración corre por tu cuenta: empieza por su README y consulta nuestra guía para la primera contribución para los pasos generales.

Primeros pasos

  1. Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
  2. Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
  3. Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
  4. Abre un pull request que haga referencia al número del issue.

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