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Implement gammalogccdf for ForwardDiff

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Evaluación

Dificultad
4/5
Tiempo estimado
3-5 días
Aptitud para principiantes
35/100
Tipo de issue
Error
Claridad
Bastante claro
Estado de actividad
Estancado
Stack tecnológico
julia
Área
devtools

Línea de trabajo

Comience reproduciendo el MethodError mostrado e inspeccione el punto de entrada gammalogccdf en StatsFuns/src/distrs/gamma.jl, junto con los argumentos ForwardDiff.Dual del stack trace. Rastree cómo la ruta de Poisson truncada llega a esta llamada; el trabajo estará terminado cuando esa ruta ya no produzca el MethodError informado para entradas de ForwardDiff.

Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.

Descripción

I am modeling in Turing.jl some process in which I use Gamma prior to parametrize Truncated Poisson and I use NUTs sampler.

However, my model has nested dependence and I cannot fully vectorize the loop, so Zygote would be slow. The default ForwardDiff throws at me an error

ERROR: MethodError: no method matching _gammalogccdf(::ForwardDiff.Dual{ForwardDiff.Tag{Turing.TuringTag, Float64}, Float64, 8}, ::ForwardDiff.Dual{ForwardDiff.Tag{Turing.TuringTag, Float64}, Float64, 8}, ::ForwardDiff.Dual{ForwardDiff.Tag{Turing.TuringTag, Float64}, Float64, 8})
Stacktrace:
  [1] gammalogccdf(k::Int64, θ::Int64, x::ForwardDiff.Dual{ForwardDiff.Tag{Turing.TuringTag, Float64}, Float64, 8})
    @ StatsFuns ~/.julia/packages/StatsFuns/atA5S/src/distrs/gamma.jl:71
  [2] poislogcdf(λ::ForwardDiff.Dual{ForwardDiff.Tag{Turing.TuringTag, Float64}, Float64, 8}, x::Int64)
    @ StatsFuns ~/.julia/packages/StatsFuns/atA5S/src/distrs/pois.jl:30
  [3] logcdf(d::Poisson{ForwardDiff.Dual{ForwardDiff.Tag{Turing.TuringTag, Float64}, Float64, 8}}, x::Int64)
    @ Distributions ~/.julia/packages/Distributions/Ufrz2/src/univariates.jl:638
  [4] _logcdf_noninclusive(d::Poisson{ForwardDiff.Dual{ForwardDiff.Tag{Turing.TuringTag, Float64}, Float64, 8}}, x::Int64)
    @ Distributions ~/.julia/packages/Distributions/Ufrz2/src/censored.jl:441
  [5] truncated(d::Poisson{ForwardDiff.Dual{ForwardDiff.Tag{Turing.TuringTag, Float64}, Float64, 8}}, l::Int64, u::Int64)
    @ Distributions ~/.julia/packages/Distributions/Ufrz2/src/truncate.jl:67
  [6] Truncated(d::Poisson{ForwardDiff.Dual{ForwardDiff.Tag{Turing.TuringTag, Float64}, Float64, 8}}, l::Int64, u::Int64)
    @ Distributions ./deprecated.jl:105
  [7] macro expansion

To my understanding this error suggests that the model is encountering issues with automatic differentiation, specifically when evaluating the complementary cumulative distribution function (CCDF) of the Gamma distribution. Seems like the error might be related to the Truncated Poisson distribution, as the truncation operation might involve the CCDF of the underlying distribution.

Can that be solved in ForwardDiff AD ?

Lenguaje dominante
Julia
Estrellas
1k
Forks
162
Sin PR fusionados en 30 d

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