Hacktoberfest 2026: los issues que los mantenedores marcaron para octubre, abiertos y aptos para principiantes. Explorar issues de Hacktoberfest

ERROR: insufficient number of blocks -- you need 5 blocks with non zero ABBA/BABA program terminating.

Abierto
  • ¿Algo no está bien?
#82 2 comentarios 0 reacciones 0 asignados Ver en GitHub

Nadie ha tomado este issue todavía.

Evaluación

Dificultad
4/5
Tiempo estimado
3-5 días
Aptitud para principiantes
25/100
Tipo de issue
Error
Claridad
Necesita aclaración
Estado de actividad
Estancado
Stack tecnológico
r
Área
bioinformatics

Línea de trabajo

Comienza con la llamada a d() y la salida de qpDstat mostradas en el issue, centrándote en los 2.142 SNPs y los dos bloques de jackknife indicados. Reproduce el comando con el prefijo de Eigenstrat proporcionado y determina si la entrada o la configuración de bloques provoca la terminación; se considera hecho cuando se documentan la causa y una resolución compatible.

Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.

Descripción

Dear Sir,
I'm analyzing D-statistics for the first time using admixr in R and I'm getting below error,

enough!
insufficient number of blocks -- you need 5 blocks with non zero ABBA/BABA program terminating

BEGINNING OF OUTPUT FILE
==================================================

qpDstat: parameter file: /tmp/RtmpkwhB54/qpDstat__1499352543.par
### THE INPUT PARAMETERS
##PARAMETER NAME: VALUE
genotypename: /media/imdeb/Elements/2nd/Sequence/ABBATest/Admix/GB_eign/GB_snpS.geno
snpname: /media/imdeb/Elements/2nd/Sequence/ABBATest/Admix/GB_eign/GB_snpS.snp
indivname: /media/imdeb/Elements/2nd/Sequence/ABBATest/Admix/GB_eign/GB_snpS.ind
popfilename: /tmp/RtmpkwhB54/qpDstat__1499352543.pop
f4mode: YES
printsd: YES
## qpDstat version: 980
inbreed set NO
number of quadruples 1
  0           Blepharipa    1
  1           D_melanoga    1
  2           E_sorbilla    1
  3               B_mori    1
jackknife block size:     0.050
snps: 2142  indivs: 4
number of blocks for block jackknife: 2
nrows, ncols: 4 2142

==================================================
END OF OUTPUT FILE


Error: The output file we got from ADMIXTOOLS is truncated.
       Please examine the full output above and check for errors.

My objective is to investigate introgression in insect mt-DNA. Therefore I took 116 insect's mitochondrial protein coding genes, aligned and concatenated all the genes. Then I created a VCF file using snp-site tool, after that I converted it to EIGENSTRAT format by convertVCFtoEigenstrat.sh of Joana Meier. Now I'm implementing admixr but facing the above problem when I tried to estimate D-statistics.

prefix <- "/media/imdeb/Elements/2nd/Sequence/ABBATest/Admix/x/x11/x11_snpS"
snps <- eigenstrat(prefix)

pops <- c("Blepharipa","S_variegat","P_vanderpl","A_gambie","E_flavipal","D_mauritia")
result_D <- d(W = pops, X = "D_melanoga", Y = "E_sorbilla", Z = "B_mori", data = snps)

Kindly let me know how can I overcome this issue. As I understand either I need to increase number of blocks of decrease the size of of the blocks. So this is a humble request that please let me know how to do this.

Thank you,
Debajyoti

Lenguaje dominante
C
Estrellas
236
Forks
76
Sin PR fusionados en 30 d

Preparar el entorno

Este proyecto no incluye contenedor de desarrollo, Dockerfile ni guía de contribución, así que la configuración corre por tu cuenta: empieza por su README y consulta nuestra guía para la primera contribución para los pasos generales.

Primeros pasos

  1. Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
  2. Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
  3. Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
  4. Abre un pull request que haga referencia al número del issue.

Más de DReichLab/AdmixTools

Todos los issues de DReichLab/AdmixTools

Issues similares

Más issues de C

Recibe los nuevos issues en tu correo

Un resumen breve de issues de GitHub para principiantes.