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["model"] Fit all free parameters against longer hospital time series

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Evaluación

Dificultad
5/5
Tiempo estimado
Más de una semana
Aptitud para principiantes
20/100
Tipo de issue
Nueva funcionalidad
Claridad
Necesita aclaración
Estado de actividad
Estancado
Stack tecnológico
python
Área
data, machine-learning

Línea de trabajo

No se nombran archivos, pruebas ni puntos de entrada. Empieza por localizar las entradas existentes de parámetros del modelo y la ruta de datos de admisiones hospitalarias; después, revisa el issue #340 para consultar la variable de latencia; se considera terminado cuando se ajuste cada incógnita enumerada usando todos los días de admisión disponibles, teniendo en cuenta los posibles cambios en los estándares de hospitalización.

Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.

Descripción

models
Summary

Among the inputs to the model, parameters can be broken up by which ones should be firm details of the population and hospital, or reliable local calculations, and which ones are unknowns that observations should fit

Firm

  • Regional population
  • Market share
  • ICU and Ventilator usage, as a fraction of hospitalized cases
  • Lengths of stay

Unknown

  • % Infections requiring hospitalization
  • Spread parameter (as initial beta, doubling time, whatever)
  • latency from infection to hospital presentation (#340 for implementation of this variable)
  • Effect of social distancing measures (as contact reduction rate, or adjusted beta, whatever)

Given a week or two worth of actual hospital admissions, it should be possible to automatically estimate values for all of these parameters.

Additional details

One potential confounding factor would be if the standard for hospitalization changes over time, to reflect increasing healthcare system burden and narrowed focus on the most critical cases.

Of the unknowns, latency should be the most general across regions and populations, but may still vary with distribution of demographics, comorbidities, etc, so it seems worth treating it as local.

Suggested fix

Take as many days of hospital admission data as available as input, and automatically determine all possible parameters.

Lenguaje dominante
Python
Estrellas
210
Forks
153
Sin PR fusionados en 30 d

Guía de contribución

Abrir la guía de contribución

Primeros pasos

  1. Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
  2. Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
  3. Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
  4. Abre un pull request que haga referencia al número del issue.

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