AlexsLemonade/OpenScPCA-analysis

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  AlexsLemonade/OpenScPCA-analysis#1437 · Abierto el 5/10/2026

• Monthly spellcheck results

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  Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 72/100

  AlexsLemonade/OpenScPCA-analysis#1434 · Abierto el 15/9/2026

• Evaluate reference approach for annotating osteosarcoma samples

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  AlexsLemonade/OpenScPCA-analysis#1424 · 1 comentario · Abierto el 3/8/2026

• Add script to train SingleR model

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  AlexsLemonade/OpenScPCA-analysis#1414 · Abierto el 6/7/2026

• Add script to prepare references for use

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  AlexsLemonade/OpenScPCA-analysis#1413 · 1 comentario · Abierto el 6/7/2026

• Update immune cell types file in `cell-type-consensus`

  Quizá libre de nuevo @allyhawkins la tomó hace 262 días y no hay ningún pull request abierto. Abierto

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  AlexsLemonade/OpenScPCA-analysis#1391 · 1 asignado · Abierto el 5/2/2026

• Don't recommend use of osx-64 platform for conda-lock

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  Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 65/100

  AlexsLemonade/OpenScPCA-analysis#1244 · 1 comentario · Abierto el 30/7/2025

• Record project-specific normal reference groups in TSVs

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  AlexsLemonade/OpenScPCA-analysis#1239 · Abierto el 28/7/2025

• Osteosarcoma SCPCAB0027 - Tumor versus Normal cell differentiation and annotation

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  Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

  AlexsLemonade/OpenScPCA-analysis#1193 · Abierto el 2/7/2025

• Add function to create total CNV column

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  Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 48/100

  AlexsLemonade/OpenScPCA-analysis#1157 · Abierto el 3/6/2025

• Use CNV distributions to identify additional Ewings tumor cells

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  Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 30/100

  AlexsLemonade/OpenScPCA-analysis#1156 · Abierto el 3/6/2025

• Run inferCNV on neuroblastoma samples

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  AlexsLemonade/OpenScPCA-analysis#1148 · Abierto el 2/6/2025

• Explore use of pooled normal reference with inferCNV in solid tumors of interest

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  Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 20/100

  AlexsLemonade/OpenScPCA-analysis#1143 · Abierto el 2/6/2025

• Add wrapper function for running internal references

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  AlexsLemonade/OpenScPCA-analysis#1130 · Abierto el 15/5/2025

• Pilocytic Astrocytoma scRNA Analysis

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  AlexsLemonade/OpenScPCA-analysis#1121 · Abierto el 7/5/2025

• Docs request: Centralized documentation for available results

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  Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

  AlexsLemonade/OpenScPCA-analysis#1119 · Abierto el 6/5/2025

• Explore cells that are classified as both immune and tumor in Ewing samples

  Quizá libre de nuevo @allyhawkins la tomó hace 584 días y no hay ningún pull request abierto. Abierto

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  AlexsLemonade/OpenScPCA-analysis#1087 · 1 asignado · Abierto el 20/3/2025

• Consider using a converted Seurat object in hello-clusters

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  AlexsLemonade/OpenScPCA-analysis#957 · 1 comentario · Abierto el 20/12/2024

• Docs request: "Quick start" guide for technical setup

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  AlexsLemonade/OpenScPCA-analysis#948 · 1 comentario · Abierto el 17/12/2024

• Notebook to explore using normal cell references to annotate tumor cell states in Ewing sarcoma samples

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  Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

  AlexsLemonade/OpenScPCA-analysis#941 · Abierto el 13/12/2024

• Decrease size of docker image for Ewing's module

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  AlexsLemonade/OpenScPCA-analysis#884 · 4 comentarios · Abierto el 15/11/2024

• Integration of the SCPCP000006 Wilms tumor dataset

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  Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

  AlexsLemonade/OpenScPCA-analysis#857 · 7 comentarios · Abierto el 5/11/2024

• Improve Wilms Tumor Dataset Annotation (SCPCP000006) - explore `predicted.score` and `has_cnv.score` thresholds

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  AlexsLemonade/OpenScPCA-analysis#856 · 5 comentarios · Abierto el 5/11/2024

• Modify/explore clustering for Wilms tumor annotation (SCPCP000014)

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  AlexsLemonade/OpenScPCA-analysis#840 · Abierto el 24/10/2024

• Docs request: FAQ about gene id conversion

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  AlexsLemonade/OpenScPCA-analysis#837 · 1 comentario · Abierto el 22/10/2024

• cell type/tumor annotation for ETP T-ALL (SCPCP000003)

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  AlexsLemonade/OpenScPCA-analysis#822 · Abierto el 16/10/2024

• Attempt to identify tumor cells in those non-ETP samples without B cells (SCPCP000003)

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  AlexsLemonade/OpenScPCA-analysis#811 · Abierto el 15/10/2024

• Keep tabs on Rhtslib installation in Dockerfiles

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  AlexsLemonade/OpenScPCA-analysis#803 · Abierto el 8/10/2024

• celltype/tumor annotation for non-ETP T-ALL (SCPCP000003)

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  AlexsLemonade/OpenScPCA-analysis#787 · Abierto el 1/10/2024

• Initiation of SCPCP000001

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  AlexsLemonade/OpenScPCA-analysis#778 · 5 comentarios · Abierto el 24/9/2024

• Celltype annotation for non-ETP ALL (SCPCP000003)

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  AlexsLemonade/OpenScPCA-analysis#761 · Abierto el 13/9/2024

• DSRCT Dataset Analysis (SCPCP000013) #583

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  AlexsLemonade/OpenScPCA-analysis#701 · 1 comentario · Abierto el 7/8/2024

• Cell Type Annotation of Osteosarcoma snRNA-seq Data (SCPCP000017)

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  AlexsLemonade/OpenScPCA-analysis#687 · 1 comentario · Abierto el 3/8/2024

• Future idea: Use SingleR with SCPCL000822 and SCPCL000824 as references to annotate remaining Ewing samples

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  Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

  AlexsLemonade/OpenScPCA-analysis#668 · Abierto el 25/7/2024

• Additional docs for troubleshooting precommit

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  Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 35/100

  AlexsLemonade/OpenScPCA-analysis#645 · Abierto el 23/7/2024

• Docs request: Organizing your module results

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  Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

  AlexsLemonade/OpenScPCA-analysis#502 · 1 comentario · Abierto el 5/6/2024

• Docs request: Reframe the "running an analysis module" doc

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  Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 30/100

  AlexsLemonade/OpenScPCA-analysis#475 · 2 comentarios · Abierto el 31/5/2024

• Consider adding option to the data download script to list files

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  Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

  AlexsLemonade/OpenScPCA-analysis#414 · Abierto el 6/5/2024

• Expand troubleshooting documentation

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  Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

  AlexsLemonade/OpenScPCA-analysis#299 · 1 comentario · Abierto el 27/3/2024

• [Optional] Doc: What happens after you file a PR?

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  AlexsLemonade/OpenScPCA-analysis#210 · Abierto el 18/3/2024

• Doc: Ways to contribute

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  AlexsLemonade/OpenScPCA-analysis#147 · Abierto el 11/3/2024

• Bug report: Zellkonverter/Basilisk initialization in Docker images doesn't work with rstudio users

  Posiblemente ocupada Un pull request vinculado a esta issue está abierto o ya se fusionó. Abierto

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  AlexsLemonade/OpenScPCA-analysis#972 · Abierto el 3/1/2025

• Exploratory analysis notebook for SEACells

  Posiblemente ocupada @jashapiro la tomó hace 832 días. Abierto

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  AlexsLemonade/OpenScPCA-analysis#611 · 1 asignado · Abierto el 15/7/2024