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8-membered-ring atrop stereo lost in 2026.09.1

Offen Anfängerfreundlich
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@pechersky arbeitet bereits daran.

Seit 07.10.2026.

  • #9682 von @pechersky — offen

Bewertung

Schwierigkeit
2/5
Geschätzter Aufwand
Ein halber Tag
Anfängerfreundlichkeit
86/100
Issue-Typ
Bug
Klarheit
Klar beschrieben
Aktivitätsstatus
Aktiv
Tech-Stack
cpp, python
Bereich
devtools

Rechercherichtung

Beginne bei Chirality.cpp:2250-2273, der Aufräumaktion, die mit Commit 23094fccb (rdkit/rdkit#9190) hinzugefügt wurde, und vergleiche dessen Ringgrößen-Cutoff mit MolOps::cleanupAtropisomers(), das nur Ringe < 8 ablehnt. Reproduziere mit dem genauen Python-Snippet im Issue und bestätige STEREONONE auf 2026.09.1, dann richte den neuen Cutoff am bestehenden aus. Fertig bedeutet, dass die Atrop-Regressionstests für 7-, 8- und 9-gliedrige Ringe unter beiden Wahrnehmungsmodi bestehen und das Snippet STEREOATROPCW ausgibt.

Vom Indexierungsmodell aus dem Issue-Text verfasst.

Beschreibung

bug

Describe the bug
Sanitized molblock parsing clears an explicitly wedged atrop axis in an
8-membered ring, despite distinguishable ligand environments at both ends.

To Reproduce

from rdkit import Chem, rdBase
from rdkit.Chem import rdDepictor

mol = Chem.MolFromSmiles("Cc1ccc2c(c1)CCCCc1ccc(F)cc1-2")
rdDepictor.Compute2DCoords(mol, forceRDKit=True)
# Atom indices refer to the SMILES above; the axis is 17-4.
mol.GetBondBetweenAtoms(17, 11).SetBondDir(Chem.BondDir.BEGINWEDGE)
block = Chem.MolToMolBlock(mol, forceV3000=True)
parsed = Chem.MolFromMolBlock(block, sanitize=True, removeHs=False)
print(rdBase.rdkitVersion, parsed.GetBondBetweenAtoms(17, 4).GetStereo().name)

Observed output: 2026.09.1 STEREONONE.

Expected behavior
Preserve STEREOATROPCW, as on locally built 2025.09.6, 2026.03.1, and
2026.03.6. Atrop cleanup should consistently clear 7-membered-ring axes
and preserve explicit stereo on 8- and 9-membered-ring axes.

Screenshots
Image

Configuration (please complete the following information):

  • RDKit version: 2026.09.1, source tag Release_2026_09_1 (fece8caa8).
  • OS: Linux, aarch64.
  • Python version (if relevant): 3.11.15.
  • Are you using conda? no
  • If you are using conda, which channel did you install the rdkit from? n/a
  • If you are not using conda: how did you install the RDKit? manual build

Additional context
Bisected to 23094fccb
(rdkit/rdkit#9190): the new cleanup in Chirality.cpp:2250-2273 rejects rings
< 9, while existing MolOps::cleanupAtropisomers() rejects only rings < 8.
Changing only the new cutoff to < 8 makes the 7/8/9-membered regression
tests pass under both perception modes.

Vorherrschende Sprache
HTML
Sterne
3.6k
Forks
1.1k
Ø Merge
3 T. 21 Std.
Gemergte PRs (30 T.)
24

Entwicklungsumgebung

Erste Schritte

  1. Lesen Sie das ganze Issue und danach den Beitragsleitfaden des Projekts.
  2. Schreiben Sie ins Issue, dass Sie es übernehmen — das erspart doppelte Arbeit.
  3. Forken Sie das Repository und arbeiten Sie in einem Branch.
  4. Öffnen Sie einen Pull Request, der die Issue-Nummer nennt.

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