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Annotated code cell is dropped when the next annotated cell comes before any list

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Bewertung

Schwierigkeit
2/5
Geschätzter Aufwand
1-3 Stunden
Anfängerfreundlichkeit
76/100
Issue-Typ
Bug
Klarheit
Klar beschrieben
Aktivitätsstatus
Aktiv
Tech-Stack
lua
Bereich
backend

Rechercherichtung

Lies src/resources/filters/quarto-pre/code-annotation.lua, besonders den Zweig für ausführbare Zellen, der pendingCodeCell setzt, sowie die vorhandenen Aufrufe von flushPending() in den benachbarten Zweigen. Reproduziere den Fehler mit den beiden annotierten R-Zellen und der geordneten Liste im Issue. Bestätige dann, dass beide Zellen und ihre Ausgaben gerendert werden und die Notiz auf die Annotation der zweiten Zelle verweist. Der Reporter hat die vollständige Testsuite nicht ausgeführt.

Vom Indexierungsmodell aus dem Issue-Text verfasst.

Beschreibung

bug code-annotation

Bug description

When two executable code cells with annotations follow each other and no ordered list sits between them, the first cell is dropped from the output.
Its code, its annotation markers and its output are all missing.
Only the second cell, with the list that follows it, is rendered.

I found this while working on Typst code annotations in #14170.
It happens on main for HTML, so it is not specific to Typst.

Steps to reproduce

---
title: Two annotated cells in a row
format: html
code-annotations: true
---

```{r}
first_cell <- 1 # <1>
first_cell
```

```{r}
second_cell <- 2 # <1>
second_cell
```

1. A note.

Actual behavior

The page shows only the second cell.
first_cell does not appear anywhere in the HTML.

Expected behavior

Both cells are rendered.
The note links to the annotation of the second cell, which is the one it sits under.

main (first cell missing) main with the one-line fix below
The rendered page on main: only the second cell, second_cell, with its annotation circle, the note and the output 2. The rendered page with the fix: both cells, first_cell with its output 1, then second_cell with its annotation circle, the note and the output 2.

Cause

In src/resources/filters/quarto-pre/code-annotation.lua, the branch that handles executable cells keeps an annotated cell in pendingCodeCell until the ordered list arrives.
When another annotated cell comes first, the new cell overwrites pendingCodeCell and the first one is never emitted.
The other branches, such as the one for plain code blocks, call flushPending() before they output a block.

A possible fix is to call flushPending() at the top of the if found then branch.
With that line, both cells are rendered, as in the right-hand screenshot.
I have not run the whole test suite with it.

Your environment

  • OS: macOS
  • Quarto: dev build, run with the src/resources of main at 210691f01 (set with QUARTO_SHARE_PATH), so the Lua filters are those of main.
  • R 4.6.1 with knitr 1.51.

Quarto check output

quarto check

Quarto 99.9.9
[✓] Checking environment information...
      Quarto cache location: /Users/mcanouil/Library/Caches/quarto
      Project: none found (single-file mode)
[✓] Checking versions of quarto binary dependencies...
      Pandoc version 3.10.0: OK
      Dart Sass version 1.101.0: OK
      Deno version 2.7.14: OK
      Typst version 0.15.1: OK
[✓] Checking versions of quarto dependencies......OK
[✓] Checking Quarto installation......OK
      Version: 99.9.9
[✓] Checking tools....................OK
      TinyTeX: v2026.07
      Chrome Headless Shell: (not installed)
      VeraPDF: (not installed)
[✓] Checking LaTeX....................OK
[✓] Checking Chrome Headless....................OK
[✓] Checking basic markdown render....OK
[✓] Checking R installation...........OK
      Version: 4.6.1
      knitr: 1.51
      rmarkdown: 2.31
[✓] Checking Knitr engine render......OK
[✓] Checking Python 3 installation....OK
      Version: 3.9.6
      Jupyter: (None)
[✓] Checking Julia installation...
Vorherrschende Sprache
JavaScript
Sterne
6.1k
Forks
476
Ø Merge
17 Std. 16 Min.
Gemergte PRs (30 T.)
112

Entwicklungsumgebung

Erste Schritte

  1. Lesen Sie das ganze Issue und danach den Beitragsleitfaden des Projekts.
  2. Schreiben Sie ins Issue, dass Sie es übernehmen — das erspart doppelte Arbeit.
  3. Forken Sie das Repository und arbeiten Sie in einem Branch.
  4. Öffnen Sie einen Pull Request, der die Issue-Nummer nennt.

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