Enhancement: allow iterating signals in chunks of dataframes
Dieses Issue hat noch niemand übernommen.
Bewertung
- Schwierigkeit
- 5/5
- Geschätzter Aufwand
- Über eine Woche
- Anfängerfreundlichkeit
- 30/100
Rechercherichtung
Beginne mit der Implementierung von to_dataframe(), die in Pull Request 380 eingeführt wurde, und prüfe, wie sie derzeit Waveform-Signale lädt. Entwickle einen Ansatz für die verzögerte, chunkweise DataFrame-Verarbeitung, der vermeidet, das vollständige Signal in den Speicher zu laden; als abgeschlossen gilt dies, wenn große Datensätze wie die aus MIMIC-III in speichergroßen Teilen verarbeitet werden können.
Vom Indexierungsmodell aus dem Issue-Text verfasst.
Beschreibung
I'm using the new to_dataframe() function that was implemented in https://github.com/MIT-LCP/wfdb-python/pull/380
One issue that I'm seeing is that when loading some of the waveform signals from https://physionet.org/content/mimic3wdb-matched/1.0/ using to_dataframe() it eats up a lot of memory. Specifically, on the machine I'm running on which has 96gb of memory, reading the record and calling to_dataframe runs out of memory.
I would like to lazy load the signal data into a chunked dataframe which would allow me to process the waveform signals in parts that could fit into memory, rather than loading it all into memory.
- Vorherrschende Sprache
- Jupyter Notebook
- Sterne
- 853
- Forks
- 323
- PR-Merge-Kennzahlen
- Keine gemergten PRs in 30 T.
Entwicklungsumgebung
Dieses Projekt bietet weder Dev-Container noch Dockerfile noch Beitragsleitfaden – die Einrichtung liegt bei Ihnen. Beginnen Sie mit der README; die allgemeinen Schritte stehen in unserem Leitfaden für den ersten Beitrag.
Erste Schritte
- Lesen Sie das ganze Issue und danach den Beitragsleitfaden des Projekts.
- Schreiben Sie ins Issue, dass Sie es übernehmen — das erspart doppelte Arbeit.
- Forken Sie das Repository und arbeiten Sie in einem Branch.
- Öffnen Sie einen Pull Request, der die Issue-Nummer nennt.
Mehr aus MIT-LCP/wfdb-python
-
`find_local_peaks` ignores the sample at `i + radius`, so points on a rising slope are returned as peaksEvtl. vergeben @rmz-oz hat das vor 9 Tagen übernommen. Offen
Schwierigkeit 2/5 1-3 Stunden Anfängerfreundlichkeit 84/100
MIT-LCP/wfdb-python#572 ·
-
Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 45/100
MIT-LCP/wfdb-python#568 ·
-
Add validation of segments when writing a `MultiRecord`Evtl. vergeben Ein verknüpfter Pull Request ist offen oder bereits gemergt. Offen
Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 48/100
MIT-LCP/wfdb-python#557 ·
-
Schwierigkeit 2/5 1-3 Stunden Anfängerfreundlichkeit 58/100
MIT-LCP/wfdb-python#554 ·
-
WFDB path ignoredOffen
Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100
MIT-LCP/wfdb-python#545 ·
Alle Issues in MIT-LCP/wfdb-python
Ähnliche Issues
-
Grain de MaliceOffennew-spider
Schwierigkeit 2/5 1-3 Stunden Anfängerfreundlichkeit 78/100
alltheplaces/alltheplaces#19646 ·
Maintainer antworten meist innerhalb von 1 Tag
-
Schwierigkeit 1/5 Unter einer Stunde Anfängerfreundlichkeit 74/100
BSData/age-of-sigmar-4th#1393 ·
-
Typos in schema fileOffen
Schwierigkeit 1/5 1-3 Stunden Anfängerfreundlichkeit 65/100
-
enhancement loop-review
Schwierigkeit 2/5 1-3 Stunden Anfängerfreundlichkeit 68/100
emeraldleaf/okl#190 ·
Maintainer antworten meist innerhalb von 1 Tag
-
[missing-inheritance] audit review (1 preset)Evtl. vergeben @github-actions hat das heute übernommen. Offen
Schwierigkeit 1/5 Unter einer Stunde Anfängerfreundlichkeit 82/100
osmberlin/tagging-schema-browser#363 · 1 Kommentar ·
Maintainer antworten meist innerhalb von 1 Tag