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nao-mgs-workflow

Python · 30 个 star
basecall-workflow
Nextflow workflow to run basecalling on Nanopore data

Nextflow · 0 个 star

适合新手全部

未关闭全部

Alignment duplicate marking ignores strand and pair orientation 未关闭

repo:mgs-workflow

难度 4/5 3-5 天新手友好度 52/100

securebio/nao-mgs-workflow#993 · 1 条评论 · 2026年9月3日创建
Add an nf-test pinning CP/DP/UP behaviour across Bowtie2 and duplicate marking 未关闭

repo:mgs-workflow

难度 4/5 3-5 天新手友好度 48/100

securebio/nao-mgs-workflow#992 · 1 条评论 · 2026年9月3日创建
Publish an alignment end coordinate so half-mapped reads can be duplicate-grouped on evidence 未关闭

repo:mgs-workflow

难度 4/5 3-5 天新手友好度 55/100

securebio/nao-mgs-workflow#975 · 1 条评论 · 2026年9月1日创建
mark_duplicates ignores fragment length when the fragment is shorter than the read 未关闭

repo:mgs-workflow

难度 4/5 3-5 天新手友好度 58/100

securebio/nao-mgs-workflow#948 · 2 条评论 · 2026年8月25日创建
Three full-table sorts in SPLIT_VIRAL_TSV_BY_SELECTED_TAXID exist only as preconditions for streaming tools 未关闭

enhancement repo:mgs-workflow time&cost

难度 5/5 一周以上新手友好度 45/100

securebio/nao-mgs-workflow#922 · 1 条评论 · 2026年8月7日创建
Evaluate faster alternatives to BLAST for viral hit validation 未关闭

难度 5/5 一周以上新手友好度 35/100

securebio/nao-mgs-workflow#920 · 1 条评论 · 2026年8月6日创建
Triage accumulated container CVEs (16 distinct HIGH/CRITICAL, mostly one shared base layer) 未关闭

repo:mgs-workflow

难度 4/5 3-5 天新手友好度 42/100

securebio/nao-mgs-workflow#914 · 1 条评论 · 2026年8月5日创建
Allow non-dev INDEX builds from the dev branch 未关闭

repo:mgs-workflow

难度 4/5 3-5 天新手友好度 45/100

securebio/nao-mgs-workflow#878 · 2 条评论 · 2026年7月7日创建
NUCLEAZE: fail fast on binary/index version mismatch instead of hanging (follow-up to #867) 未关闭

repo:mgs-workflow

难度 4/5 3-5 天新手友好度 45/100

securebio/nao-mgs-workflow#873 · 3 条评论 · 2026年7月1日创建
Follow up on ignored Trivy CVEs: patch as upstream fixes become reachable 未关闭

repo:mgs-workflow

难度 4/5 3-5 天新手友好度 35/100

securebio/nao-mgs-workflow#870 · 1 条评论 · 2026年7月1日创建
Publish taxonomy-merged.dmp from the index workflow (enable taxid canonicalization) 未关闭

repo:mgs-workflow

难度 3/5 1-2 天新手友好度 72/100

securebio/nao-mgs-workflow#863 · 1 条评论 · 2026年6月29日创建
Flaky test-subworkflows failure: nf-test JsonException (NUL byte) reading its own metadata under parallel execution 未关闭

repo:mgs-workflow

难度 4/5 3-5 天新手友好度 48/100

securebio/nao-mgs-workflow#862 · 1 条评论 · 2026年6月28日创建
Finalize Kraken domain-summary migration: drop legacy bracken naming and vestigial columns 未关闭

repo:mgs-workflow

难度 5/5 一周以上新手友好度 35/100

securebio/nao-mgs-workflow#851 · 1 条评论 · 2026年6月24日创建
Bracken output is empty due to Kraken2 standard database taxonomy change breaking domain-level classification 未关闭

repo:mgs-workflow

securebio/nao-mgs-workflow#841 · 1 条评论 · 已指派 1 人 · 2026年6月16日创建
Add CI lint to catch process labels that match no `withLabel:` selector 未关闭

repo:mgs-workflow

难度 3/5 1-2 天新手友好度 65/100

securebio/nao-mgs-workflow#826 · 1 条评论 · 2026年6月8日创建
csv.DictReader in add_conditional_tsv_column.py breaks on quality strings starting with " (reader-side analogue of #534) 未关闭

bug priority_1 repo:mgs-workflow

securebio/nao-mgs-workflow#823 · 1 条评论 · 已指派 1 人 · 2026年6月5日创建
Add golden-file integration test for benchmark_index.py write_summary_md 未关闭

repo:mgs-workflow

难度 3/5 1-2 天新手友好度 68/100

securebio/nao-mgs-workflow#820 · 1 条评论 · 2026年5月22日创建
Consider writing DOWNSTREAM sentinel files when each group is complete 未关闭

难度 5/5 一周以上新手友好度 30/100

securebio/nao-mgs-workflow#817 · 2 条评论 · 2026年5月20日创建
Add nf-test coverage for the basecalling Nextflow workflow 未关闭

难度 4/5 3-5 天新手友好度 52/100

securebio/basecall-workflow#26 · 2026年5月14日创建
Add pytest coverage for automation/run_automation.py 未关闭

难度 3/5 1-2 天新手友好度 75/100

securebio/basecall-workflow#25 · 2026年5月14日创建
Migrate process `shell:` blocks to `script:` (Nextflow 25.04 deprecation) 未关闭

难度 4/5 3-5 天新手友好度 55/100

securebio/basecall-workflow#24 · 2026年5月13日创建
Tune per-component thread counts in NUCLEAZE process 未关闭

repo:mgs-workflow

难度 4/5 3-5 天新手友好度 45/100

securebio/nao-mgs-workflow#804 · 1 条评论 · 2026年5月13日创建
Map RUN workflow critical path and identify next-round perf candidates 未关闭

repo:mgs-workflow

难度 5/5 一周以上新手友好度 35/100

securebio/nao-mgs-workflow#785 · 2 条评论 · 2026年5月11日创建
Swap pigz→rapidgzip on decompression hot paths 未关闭

repo:mgs-workflow

难度 4/5 3-5 天新手友好度 52/100

securebio/nao-mgs-workflow#776 · 1 条评论 · 2026年5月11日创建
Promote duplicate_reads_similarity.tsv.gz to expected DOWNSTREAM output and re-include in sentinel barrier 未关闭

repo:mgs-workflow

难度 4/5 3-5 天新手友好度 55/100

securebio/nao-mgs-workflow#731 · 1 条评论 · 2026年4月22日创建
Extract hardcoded BBDuk masking params into shared config 未关闭

chimera detection repo:mgs-workflow

难度 5/5 一周以上新手友好度 35/100

securebio/nao-mgs-workflow#716 · 1 条评论 · 2026年4月6日创建
Move dev-only dependencies to optional-dependencies group 未关闭

repo:mgs-workflow

难度 3/5 1-2 天新手友好度 52/100

securebio/nao-mgs-workflow#700 · 1 条评论 · 2026年3月18日创建
Hoist TSVFactory to module level for better type annotations 未关闭

repo:mgs-workflow

难度 4/5 3-5 天新手友好度 35/100

securebio/nao-mgs-workflow#692 · 1 条评论 · 2026年3月11日创建
Asymmetric aligner column selection across natural/combined/artificial subsets 未关闭

repo:mgs-workflow

难度 4/5 3-5 天新手友好度 45/100

securebio/nao-mgs-workflow#669 · 1 条评论 · 2026年2月19日创建
Investigate whether Bracken added_reads can be negative 未关闭

repo:mgs-workflow

难度 4/5 3-5 天新手友好度 35/100

securebio/nao-mgs-workflow#666 · 1 条评论 · 2026年2月18日创建
Compare nf-test results directly to golden data 未关闭

repo:mgs-workflow

难度 4/5 3-5 天新手友好度 35/100

securebio/nao-mgs-workflow#663 · 1 条评论 · 2026年2月16日创建
Port long-running BBDuk processes to Nucleaze 未关闭

enhancement repo:mgs-workflow time&cost

难度 4/5 3-5 天新手友好度 35/100

securebio/nao-mgs-workflow#655 · 1 条评论 · 2026年2月12日创建
Add sample name validation for safe filename characters 未关闭

repo:mgs-workflow

难度 3/5 1-2 天新手友好度 52/100

securebio/nao-mgs-workflow#648 · 1 条评论 · 2026年2月6日创建
Fix inconsistent process.queue placement in ONT config files 未关闭

bug repo:mgs-workflow

难度 2/5 1-3 小时新手友好度 70/100

securebio/nao-mgs-workflow#625 · 1 条评论 · 2026年1月29日创建
Automate version bump on merge to main 未关闭

read classification

难度 4/5 3-5 天新手友好度 45/100

securebio/nao-mgs-workflow#616 · 1 条评论 · 2026年1月28日创建
Document CI checks 未关闭

read classification

难度 3/5 1-2 天新手友好度 35/100

securebio/nao-mgs-workflow#614 · 1 条评论 · 2026年1月28日创建
Fix issues with version tracking 未关闭

难度 3/5 1-2 天新手友好度 42/100

securebio/nao-mgs-workflow#601 · 1 条评论 · 2026年1月24日创建
Check outputs of integration tests match expected output lists 未关闭

难度 3/5 1-2 天新手友好度 45/100

securebio/nao-mgs-workflow#599 · 1 条评论 · 2026年1月23日创建
Consider removing cross-delivery grouping 未关闭

read classification

难度 5/5 一周以上新手友好度 25/100

securebio/nao-mgs-workflow#596 · 2 条评论 · 2026年1月22日创建
Remove backwards compatibility for version tracking when no longer needed 未关闭

read classification

难度 4/5 3-5 天新手友好度 28/100

securebio/nao-mgs-workflow#595 · 1 条评论 · 2026年1月21日创建
Clarify Github Actions triggers 未关闭

read classification

难度 3/5 1-2 天新手友好度 45/100

securebio/nao-mgs-workflow#592 · 1 条评论 · 2026年1月20日创建
Switch tmp directory for sort commands 未关闭

read classification

难度 2/5 1-3 小时新手友好度 45/100

securebio/nao-mgs-workflow#587 · 4 条评论 · 2026年1月19日创建
Switch nao-dedup dependency to forthcoming rust-only version 未关闭

read classification

难度 2/5 1-3 小时新手友好度 35/100

securebio/nao-mgs-workflow#583 · 1 条评论 · 2026年1月15日创建
Similarity-based duplicate marking requires multiple steps to identify final exemplars 未关闭

read classification

难度 4/5 3-5 天新手友好度 42/100

securebio/nao-mgs-workflow#582 · 1 条评论 · 2026年1月15日创建
Pipeline fails for samples with lots of vertebrate viral reads 未关闭

read classification

难度 4/5 3-5 天新手友好度 35/100

securebio/nao-mgs-workflow#576 · 4 条评论 · 2026年1月14日创建
Switch ECR images to non-root user after build 未关闭

read classification

难度 2/5 1-3 小时新手友好度 55/100

securebio/nao-mgs-workflow#575 · 1 条评论 · 2026年1月14日创建
Publishing Fastp json reports to results 未关闭

enhancement read classification

难度 4/5 3-5 天新手友好度 45/100

securebio/nao-mgs-workflow#574 · 7 条评论 · 2026年1月14日创建
Document or automate test data generation for complex processes 未关闭

read classification

难度 4/5 3-5 天新手友好度 30/100

securebio/nao-mgs-workflow#573 · 1 条评论 · 2026年1月14日创建
Update Dorado version? 未关闭

难度 2/5 1-3 小时新手友好度 52/100

securebio/basecall-workflow#17 · 4 条评论 · 2026年1月7日创建
Add CLAUDE.md file 未关闭

read classification

难度 1/5 1 小时以内新手友好度 45/100

securebio/nao-mgs-workflow#565 · 1 条评论 · 2026年1月5日创建

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