scverse/PyDESeq2
在 GitHub 查看A Python implementation of the DESeq2 pipeline for bulk RNA-seq DEA.
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enhancement
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难度 5/5 一周以上 新手友好度 20/100
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documentation
难度 4/5 3-5 天 新手友好度 35/100
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难度 5/5 一周以上 新手友好度 25/100
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bug
难度 4/5 3-5 天 新手友好度 30/100
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难度 4/5 3-5 天 新手友好度 35/100
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enhancement
难度 5/5 一周以上 新手友好度 25/100
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enhancement
难度 5/5 一周以上 新手友好度 35/100
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难度 4/5 3-5 天 新手友好度 45/100
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Add support for sample-/gene-dependent normalization factors (e.g., length offsets from pytximport) 未关闭enhancement
难度 5/5 一周以上 新手友好度 45/100
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Random effects 未关闭
难度 5/5 一周以上 新手友好度 25/100
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bug
难度 3/5 1-2 天 新手友好度 45/100
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难度 4/5 3-5 天 新手友好度 25/100
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bug
难度 4/5 3-5 天 新手友好度 35/100
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难度 4/5 3-5 天 新手友好度 25/100
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Add a way to create a DeseqDataSet object from normalized count matrix / preprocessed adata object 未关闭enhancement
难度 5/5 一周以上 新手友好度 35/100
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bug
难度 4/5 3-5 天 新手友好度 35/100
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bug
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[RFC] Adding rpy2 (and R and deseq2) as test-only dependency.ies to have more flexible end2end tests 未关闭
难度 4/5 3-5 天 新手友好度 35/100
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bug
难度 3/5 1-2 天 新手友好度 45/100
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难度 3/5 1-2 天 新手友好度 35/100
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Adding LRT test 未关闭
难度 5/5 一周以上 新手友好度 35/100
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bug
难度 4/5 3-5 天 新手友好度 35/100
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enhancement
难度 5/5 一周以上 新手友好度 35/100
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documentation
难度 3/5 1-2 天 新手友好度 55/100
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enhancement
难度 4/5 3-5 天 新手友好度 35/100
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bug
难度 3/5 1-2 天 新手友好度 25/100
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bug
难度 3/5 1-2 天 新手友好度 45/100
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难度 4/5 3-5 天 新手友好度 30/100
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enhancement question
难度 4/5 3-5 天 新手友好度 35/100