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Enable Mutect2 force-calling using --alleles flag

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#1,883 创建于 2025年5月2日

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描述

Description of feature

Would it be possible to expose the --alleles flag for gatk mutect2 force-calling. This would allow the user to provide a reference vcf of variants on which to force call mutations in the sample of interest.

贡献者指南

研究方向
在流程中找到 Mutect2 进程定义，向命令中添加 alleles 参数，并更新任何相关的配置文件。
技术栈
无
领域
data
议题类型
功能
难度面向新贡献者的预计实现难度，1 表示很小改动，5 表示专家级工作。
2
预计时间有经验贡献者完成调查、实现、测试并准备 pull request 的粗略时间范围。
1-3 小时
活动状态议题当前的可参与程度：新鲜、活跃、陈旧、阻塞或等待维护者输入。
新近可参与
清晰度议题是否清楚说明期望改动、验收标准和下一步。
清晰
前置要求
Nextflow
新手友好度1-100 的估计分数，表示该议题对首次贡献者的友好程度。
70