nf-core/deepvariant

Add CRAM support

开放

#26 创建于 2020年2月20日

在 GitHub 查看贡献者指南
 (1 条评论) (0 个反应) (0 位负责人)Nextflow (26 个派生)auto 404
feature-requestgood first issue

仓库指标

星标
 (41 个星标)
PR 合并指标
 (PR 指标待抓取)

描述

Currently, the pipeline uses "*.bam" to find input files. We have, for a while now, switched to CRAM since the space savings are significant (50%). Any chance that the pipeline could be updated to natively support cram (DV does, as far as I know)?

贡献者指南

研究方向
调查管道目前如何发现 BAM 文件，并修改它以同时处理 CRAM 文件。请注意，CRAM 需要参考基因组进行解压缩，因此请检查如何在管道配置中提供它。
技术栈
无
领域
backend
议题类型
功能
难度面向新贡献者的预计实现难度，1 表示很小改动，5 表示专家级工作。
3
预计时间有经验贡献者完成调查、实现、测试并准备 pull request 的粗略时间范围。
半天
活动状态议题当前的可参与程度：新鲜、活跃、陈旧、阻塞或等待维护者输入。
活跃
清晰度议题是否清楚说明期望改动、验收标准和下一步。
清晰
前置要求
GitNextflow
新手友好度1-100 的估计分数，表示该议题对首次贡献者的友好程度。
65