nanoporetech/modkit

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A bioinformatics tool for working with modified bases

星标: 274
派生: 33
开放的新手 issue: 2
已索引 issue: 303

主要语言: Rust
许可证: 没有许可证数据
最近 GitHub push: 2026年6月12日
最近索引: 2026年9月21日
贡献指南: 没有贡献指南
行为准则: 没有行为准则
新手标签: 没有已索引的新手标签
PR 合并指标: 30 天内没有已合并 PR

适合新手全部

未关闭全部

modkit probability threshold 未关闭

难度 5/5 一周以上新手友好度 25/100

nanoporetech/modkit#723 · 2026年9月18日创建
`dmr pair` region output has `effect_size` sign inverted relative to the documentation and to single-site output 未关闭

难度 3/5 1-2 天新手友好度 66/100

nanoporetech/modkit#721 · 1 条评论 · 2026年9月9日创建
pileup: worker panic (base_mods_adapter.rs:80 "entered unreachable code") is silently swallowed in whole-genome mode — presents as an infinite zero-CPU hang 未关闭

难度 4/5 3-5 天新手友好度 55/100

nanoporetech/modkit#719 · 2026年8月25日创建
Question regarding region-based DMR analysis 未关闭

难度 4/5 3-5 天新手友好度 48/100

nanoporetech/modkit#718 · 2026年8月25日创建
Bug in modkit v0.6.4："fail" column in "modkit extract calls" output may use MM tag when matching --filter-threshold, G-h and G-m are not recognized as C 未关闭

bug troubleshooting

难度 3/5 1-2 天新手友好度 68/100

nanoporetech/modkit#717 · 3 条评论 · 2026年8月23日创建
Effect of unequal coverage and lack of biological replicates on global 6mA comparisons 未关闭

难度 5/5 一周以上新手友好度 25/100

nanoporetech/modkit#716 · 2026年8月20日创建
Bug in modkit extract full, canonical_base does not match reference sequence 未关闭

难度 4/5 3-5 天新手友好度 42/100

nanoporetech/modkit#715 · 2026年8月19日创建
Modkit extract calls: 5hmC ("h") calls correspond mostly to <50% Mod_qual from modkit extract full 未关闭

难度 4/5 3-5 天新手友好度 38/100

nanoporetech/modkit#646 · 2026年8月3日创建
Question regarding N1-methylpseudouridine detection support 未关闭

question

难度 5/5 一周以上新手友好度 25/100

nanoporetech/modkit#645 · 1 条评论 · 2026年8月3日创建
Bug in modkit pileup with `--combine-mods` v0.6.4 未关闭

bug build-available

难度 4/5 3-5 天新手友好度 52/100

nanoporetech/modkit#644 · 4 条评论 · 2026年7月30日创建
max-depth and high-depth options 未关闭

question

难度 3/5 1-2 天新手友好度 55/100

nanoporetech/modkit#643 · 1 条评论 · 2026年7月27日创建
Abnormal color gradient observed when plotting using the dmr isoform command 未关闭

troubleshooting

难度 3/5 1-2 天新手友好度 48/100

nanoporetech/modkit#642 · 2 条评论 · 2026年7月27日创建
Does modkit sample-probs still have an option for only mapped regions? 未关闭

build-available question

难度 3/5 1-2 天新手友好度 35/100

nanoporetech/modkit#641 · 2 条评论 · 2026年7月22日创建
modkit (V0.6.4 )pileup hangs mid-run (process alive, 0% CPU) on large metagenomic BAM 未关闭

troubleshooting

难度 4/5 3-5 天新手友好度 48/100

nanoporetech/modkit#640 · 10 条评论 · 2026年7月18日创建
High 6mA threshold in epi2me chromatin accessibility dataset 未关闭

Analysis Question

难度 3/5 1-2 天新手友好度 55/100

nanoporetech/modkit#639 · 8 条评论 · 2026年7月1日创建
modkit pileup --phased return only combined haplotype while processing whole genome 未关闭

troubleshooting

难度 4/5 3-5 天新手友好度 45/100

nanoporetech/modkit#638 · 2 条评论 · 2026年6月19日创建
Does --single-code h perform 5hmC-vs-all or 5hmC-only DMR analysis? 未关闭

documentation

难度 3/5 1-2 天新手友好度 48/100

nanoporetech/modkit#637 · 4 条评论 · 2026年6月17日创建
Multi-gpu processing on tch branch of Modkit 未关闭

难度 4/5 3-5 天新手友好度 48/100

nanoporetech/modkit#634 · 1 条评论 · 2026年6月11日创建
compare-tx-sites multiple replicates per condition 未关闭

enhancement

难度 4/5 3-5 天新手友好度 45/100

nanoporetech/modkit#633 · 11 条评论 · 2026年6月4日创建
Explanation for modkit stats output 未关闭

question

难度 2/5 1-3 小时新手友好度 45/100

nanoporetech/modkit#631 · 1 条评论 · 2026年6月3日创建
modkit v0.6.3 error when running on remora generated modbam 未关闭

enhancement

难度 3/5 1-2 天新手友好度 48/100

nanoporetech/modkit#630 · 3 条评论 · 2026年6月2日创建
Modkit pile up Inconsistent biological results for RNA m5c 未关闭

Analysis Question

难度 4/5 3-5 天新手友好度 35/100

nanoporetech/modkit#628 · 10 条评论 · 2026年5月29日创建
Sample swap in modkit dmr compare-tx-sites 未关闭

bug build-available

难度 3/5 1-2 天新手友好度 58/100

nanoporetech/modkit#627 · 1 条评论 · 1 个 reaction · 2026年5月29日创建
pileUp and dmr showing significant results for m6A even with very low amount of mapped reads from Dorado's modBAM 未关闭

question

难度 4/5 3-5 天新手友好度 35/100

nanoporetech/modkit#618 · 2 条评论 · 2026年5月8日创建
Cutoff Threshold Sensitivity in Human Samples 未关闭

question

难度 4/5 3-5 天新手友好度 38/100

nanoporetech/modkit#616 · 5 条评论 · 2026年5月6日创建
V0.6.1 does not work on pacbio samples, while v0.5.0 worked fine (no problems with ONT) 未关闭

troubleshooting

难度 4/5 3-5 天新手友好度 48/100

nanoporetech/modkit#612 · 15 条评论 · 2026年4月22日创建
estimated pass threshold with default settings very high (v0.5.0 and v.0.6.1) 未关闭

troubleshooting

难度 4/5 3-5 天新手友好度 45/100

nanoporetech/modkit#611 · 2 条评论 · 2026年4月15日创建
pileup CLI parse failure 未关闭

troubleshooting

难度 3/5 1-2 天新手友好度 55/100

nanoporetech/modkit#609 · 1 条评论 · 2026年4月10日创建
Modkit pileup - segmentation fault and performance issues in high-coverage regions 未关闭

troubleshooting

难度 4/5 3-5 天新手友好度 42/100

nanoporetech/modkit#607 · 3 条评论 · 2026年4月7日创建
Discrepancy in calls when running individual modified base pileup and combined modbase pileup 未关闭

troubleshooting

难度 4/5 3-5 天新手友好度 45/100

nanoporetech/modkit#606 · 4 条评论 · 2026年4月7日创建
modkit pileup --include-bed silently rejects BED4 files, produces zero valid positions with no warning 未关闭

bug

难度 3/5 1-2 天新手友好度 55/100

nanoporetech/modkit#605 · 1 条评论 · 2026年4月6日创建
Invalid data for modkit dmr pair 未关闭

troubleshooting

难度 3/5 1-2 天新手友好度 54/100

nanoporetech/modkit#604 · 10 条评论 · 2026年4月1日创建
Question about DMR pair results 未关闭

question

难度 4/5 3-5 天新手友好度 25/100

nanoporetech/modkit#603 · 1 条评论 · 2026年3月31日创建
Can I use modkit pileup on newly identified insertions from ONT reads? 未关闭

enhancement

难度 5/5 一周以上新手友好度 35/100

nanoporetech/modkit#602 · 2 条评论 · 2026年3月26日创建
Please provide a script to compile modkit for macOS 未关闭

难度 4/5 3-5 天新手友好度 38/100

nanoporetech/modkit#600 · 1 条评论 · 2026年3月23日创建
`--sampling-frac` issues in v0.6.1 未关闭

难度 4/5 3-5 天新手友好度 38/100

nanoporetech/modkit#599 · 1 条评论 · 2026年3月21日创建
modkit's pileup is unresponsive. 未关闭

troubleshooting

难度 4/5 3-5 天新手友好度 25/100

nanoporetech/modkit#596 · 5 条评论 · 2026年3月19日创建
Modkit pileup --modified-bases 5mC and 5hmC returning same results 未关闭

bug

难度 4/5 3-5 天新手友好度 45/100

nanoporetech/modkit#595 · 2 条评论 · 2026年3月18日创建
modkit dmr results- question 未关闭

troubleshooting

难度 4/5 3-5 天新手友好度 25/100

nanoporetech/modkit#591 · 4 条评论 · 2026年3月11日创建
Question about DMR pair results 未关闭

question

难度 3/5 1-2 天新手友好度 25/100

nanoporetech/modkit#590 · 4 条评论 · 2026年3月10日创建
How to extract one modification at a time- used to use --call-code parameter? 未关闭

question

难度 4/5 3-5 天新手友好度 35/100

nanoporetech/modkit#589 · 3 条评论 · 2026年3月9日创建
Using Modkit pileup --modified base C 未关闭

question

难度 4/5 3-5 天新手友好度 35/100

nanoporetech/modkit#587 · 2 条评论 · 2026年2月27日创建
Issue with ModKit DMR Analysis (m6A) 未关闭

难度 3/5 1-2 天新手友好度 25/100

nanoporetech/modkit#586 · 5 条评论 · 2026年2月26日创建
What does modkit extract calls do with reads that do not have a considered motif? 未关闭

question

难度 2/5 1-3 小时新手友好度 25/100

nanoporetech/modkit#585 · 1 条评论 · 2026年2月22日创建
CRAM Reference Path Issue in Nextflow Environments 未关闭

troubleshooting

难度 4/5 3-5 天新手友好度 48/100

nanoporetech/modkit#584 · 2 条评论 · 2026年2月19日创建
Large no. of reads go into "Nfail" column in pileup 未关闭

bug question

难度 4/5 3-5 天新手友好度 30/100

nanoporetech/modkit#583 · 1 条评论 · 2026年2月17日创建
Pileup in v6 not giving correct methylation versus the versions before 未关闭

question

难度 4/5 3-5 天新手友好度 35/100

nanoporetech/modkit#581 · 1 条评论 · 2026年2月15日创建
`pileup` command is giving BED files that `dmr` command says `invalid-bedmethyl-data`. 未关闭

troubleshooting

难度 4/5 3-5 天新手友好度 42/100

nanoporetech/modkit#580 · 8 条评论 · 2026年2月9日创建
Question: modkit dmr pair throws invalid-bedmethyl-data when BedMethyl comes from pileup --partition-tag/--phased (HP-tagged BAM); splitting BAM by HP avoids the crash 未关闭

question troubleshooting

难度 4/5 3-5 天新手友好度 35/100

nanoporetech/modkit#579 · 1 条评论 · 2026年2月9日创建
Clarification on high Nfail counts in modkit pileup output despite valid coverage 未关闭

question

难度 5/5 一周以上新手友好度 30/100

nanoporetech/modkit#577 · 1 条评论 · 2026年2月8日创建

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