Feature representations for new Proteins in DiG
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评估
- 难度
- 4/5
- 预计耗时
- 3-5 天
- 新手友好度
- 25/100
- Issue 类型
- 文档
- 描述清晰度
- 需要澄清
- 活跃度
- 停滞
- 技术栈
- python
调研方向
从论文的附录 B.1 和链接的 OpenFold model/model.py 位置开始，然后将报告中的 Evoformer 输出与 issue 中描述的 protein pickle 文件进行比较。记录重现 single 和 pair 表示所需的确切 FASTA、MSA、模型输出和序列化步骤。
由索引模型根据 Issue 内容生成。
描述
Hi,
This is regarding protein generation in DiG.
I wanted to know how you obtained the features present in the protein pickle files. As per Appendix B.1 of the paper, the single and pair representations are simply outputs of a pre-trained Evoformer model from AlphaFold given the corresponding protein's Fasta sequence and MSAs.
I set up OpenFold on our systems and saved the representations from Evoformer in a pickle file for the corresponding protein. I used the single and pair keys in the output dictionary in this link. Also, to get the MSAs for the fasta sequence I queried the ColabFold server.
Unfortunately, the representations I received from OpenFold's Evoformer and the representations in the dataset's pickle file were quite different.
Can you please let me know the exact method you used to obtain the single and pair representations for the respective protein fasta sequence?
- 主要语言
- Python
- 星标
- 2.5k
- 派生
- 374
- 平均合并
- 14 小时 51 分钟
- 30 天内合并 PR
- 3
环境准备
我们还没有检查这个项目的环境配置文件。先看它的 README，通用步骤见我们的新手贡献指南。
从这里开始
- 先读完整个 Issue，再读项目的贡献指南。
- 在 Issue 下留言说明你要接手 —— 这能避免两个人做同样的事。
- Fork 仓库，在一个分支上完成修改。
- 提交 Pull Request，并在描述里引用这个 Issue 编号。
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