Converting gromacs data to raw files
还没有人认领这个 Issue。
评估
调研方向
首先检查 dpdata 现有的 GROMACS .gro、.trr 和 .xvg 文件处理方式，以及数据如何转储到 DeepMD raw 文件中。完成标准是确定是否可以使用 dpdata 提取并转换力和能量，或清楚记录所需的 GROMACS 格式及其用法。
由索引模型根据 Issue 内容生成。
描述
Hello!
I am using dpdata for converting gromacs output files to raw files for deepmd-kit. I was able to get atom, atom types and coordinates from .gro file, but I was wondering how could I use dpdata to extract forces and energies? I have forces and energies in .trr & .xvg formats respectively from gromacs.
My questions are:
- do I need any specific format (from gromacs) to use dpdata and dump it to deepmd_raw files
- if not, how would I use dpdata for the same
Thanks,
Nisarg
- 主要语言
- Python
- 星标
- 254
- 派生
- 159
- 平均合并
- 8 天 3 小时
- 30 天内合并 PR
- 1
环境准备
我们还没有检查这个项目的环境配置文件。先看它的 README，通用步骤见我们的新手贡献指南。
从这里开始
- 先读完整个 Issue，再读项目的贡献指南。
- 在 Issue 下留言说明你要接手 —— 这能避免两个人做同样的事。
- Fork 仓库，在一个分支上完成修改。
- 提交 Pull Request，并在描述里引用这个 Issue 编号。
deepmodeling/dpdata 的其他 Issue
-
enhancement
难度 2/5 1-3 小时 新手友好度 72/100
deepmodeling/dpdata#1004 ·
-
bug
难度 3/5 1-2 天 新手友好度 76/100
deepmodeling/dpdata#1061 ·
-
难度 5/5 一周以上 新手友好度 35/100
deepmodeling/dpdata#1058 ·
-
feature request qe
难度 3/5 1-2 天 新手友好度 45/100
deepmodeling/dpdata#901 · 4 条评论 ·
-
enhancement vasp
难度 4/5 3-5 天 新手友好度 38/100
deepmodeling/dpdata#642 ·
查看 deepmodeling/dpdata 的全部 Issue
相似的 Issue
-
pydanty:is-working
难度 2/5 1-3 小时 新手友好度 78/100
pydantic/pydantic-ai#8843 ·
维护者通常 1 天内回复
-
breaking change enhancement server
难度 2/5 1-3 小时 新手友好度 72/100
维护者通常 1 天内回复
-
bug
难度 2/5 1-3 小时 新手友好度 88/100
维护者通常 1 天内回复
-
难度 2/5 1-3 小时 新手友好度 72/100
维护者通常 1 天内回复
-
needs-triage
难度 2/5 1-3 小时 新手友好度 85/100
维护者通常 1 天内回复