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biopython
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biopython
Official git repository for Biopython (originally converted from CVS)
Python · 5247 个 star
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biopython.github.io
Source of biopython.org website, migrated from MediaWiki
CSS · 167 个 star
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biopython_docker
Dockerfiles to build Biopython instances
Shell · 28 个 star
可能已有人在做的 issue 排在最后。 全部按时间排序
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难度 2/5 1-3 小时 新手友好度 90/100
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QCPSuperimposer returns a wrong rotation (with RMSD ≈ 0) for a 180° rotation of protein-sized coordinates可能重新可做 关联的 PR 已关闭且未合并。 未关闭
难度 4/5 3-5 天 新手友好度 68/100
biopython/biopython#5346 · 1 条评论 ·
维护者通常 1 天内回复
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DistanceCalculator identity model inflates the distance when skip_letters is used可能重新可做 关联的 PR 已关闭且未合并。 未关闭
难度 2/5 1-3 小时 新手友好度 86/100
biopython/biopython#5332 · 2 条评论 ·
维护者通常 1 天内回复
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Seq({}, length=N) creates a partially defined sequence with no segments, crashing on addition and multiplication可能重新可做 @mdehoon 于 33 天前认领，目前没有进行中的 PR。 未关闭
难度 2/5 1-3 小时 新手友好度 88/100
biopython/biopython#5329 · 1 条评论 · 已指派 1 人 ·
维护者通常 1 天内回复
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`IsoelectricPoint.pi()` returns a pH where the net charge is far from zero可能重新可做 @MarkusPiotrowski 于 50 天前认领，目前没有进行中的 PR。 未关闭
biopython/biopython#5312 · 1 条评论 · 已指派 1 人 ·
维护者通常 1 天内回复
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难度 3/5 1-2 天 新手友好度 64/100
biopython/biopython#5307 · 2 条评论 ·
维护者通常 1 天内回复
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Bio.Seq.Seq ordering operators raise opaque TypeError instead of NotImplemented可能重新可做 @webdevsamran 于 55 天前认领，目前没有进行中的 PR。 未关闭
难度 2/5 1-3 小时 新手友好度 76/100
biopython/biopython#5292 · 4 条评论 ·
维护者通常 1 天内回复
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run_cealign segfaults on a zero fragment size, short coordinate entries, or tuples可能重新可做 @JoaoRodrigues 于 89 天前认领，目前没有进行中的 PR。 未关闭
biopython/biopython#5269 · 已指派 1 人 ·
维护者通常 1 天内回复
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难度 2/5 1-3 小时 新手友好度 45/100
biopython/biopython#5195 · 4 条评论 ·
维护者通常 1 天内回复
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C++ acceleration for mmCIF parsing (native "fast path" for coordinates)可能重新可做 @JoaoRodrigues 于 276 天前认领，目前没有进行中的 PR。 未关闭
biopython/biopython#5156 · 9 条评论 · 已指派 1 人 ·
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Missing libm linkage causes undefined symbol errors可能重新可做 @mdehoon 于 292 天前认领，目前没有进行中的 PR。 未关闭
biopython/biopython#5137 · 6 条评论 · 已指派 1 人 ·
维护者通常 1 天内回复
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难度 4/5 3-5 天 新手友好度 35/100
biopython/biopython#5136 · 6 条评论 ·
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难度 4/5 3-5 天 新手友好度 25/100
biopython/biopython#5119 · 3 条评论 ·
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难度 5/5 一周以上 新手友好度 25/100
biopython/biopython#5115 · 1 条评论 ·
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难度 3/5 1-2 天 新手友好度 45/100
biopython/biopython#5113 · 6 条评论 ·
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难度 3/5 1-2 天 新手友好度 38/100
biopython/biopython#5101 · 6 条评论 ·
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难度 5/5 一周以上 新手友好度 25/100
biopython/biopython#5100 · 3 条评论 ·
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难度 5/5 一周以上 新手友好度 15/100
biopython/biopython#5096 · 1 条评论 ·
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难度 3/5 1-2 天 新手友好度 42/100
biopython/biopython#5075 · 3 条评论 ·
维护者通常 1 天内回复
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难度 2/5 1-3 小时 新手友好度 45/100
biopython/biopython#5059 · 3 条评论 ·
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难度 4/5 3-5 天 新手友好度 20/100
biopython/biopython#5052 · 1 个 reaction ·
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UnboundLocalError: local variable 'consensus_letter' referenced before assignment可能重新可做 关联的 PR 已关闭且未合并。 未关闭
难度 2/5 1-3 小时 新手友好度 62/100
biopython/biopython#5000 · 5 条评论 ·
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Bio.codonalign.codonseq.cal_dn_ds Issue可能重新可做 @ssarmin 于 35 天前认领，目前没有进行中的 PR。 未关闭
难度 3/5 1-2 天 新手友好度 45/100
biopython/biopython#4999 · 6 条评论 ·
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难度 3/5 1-2 天 新手友好度 35/100
biopython/biopython#4995 · 3 条评论 ·
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难度 3/5 1-2 天 新手友好度 42/100
biopython/biopython#4989 · 2 条评论 ·
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难度 2/5 1-3 小时 新手友好度 45/100
biopython/biopython#4987 · 2 条评论 ·
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难度 3/5 1-2 天 新手友好度 35/100
biopython/biopython#4978 · 2 条评论 ·
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SEQIO parsing failure on Genbank Feature/variation for inserts; but setting sequence length to zero escapes this with a warning可能重新可做 关联的 PR 已关闭且未合并。 未关闭
难度 4/5 3-5 天 新手友好度 35/100
biopython/biopython#4969 · 9 条评论 ·
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难度 3/5 1-2 天 新手友好度 25/100
biopython/biopython#4944 · 3 条评论 ·
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难度 4/5 3-5 天 新手友好度 20/100
biopython/biopython#4932 · 8 条评论 ·
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难度 3/5 1-2 天 新手友好度 58/100
biopython/biopython#4926 · 5 条评论 ·
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难度 4/5 3-5 天 新手友好度 42/100
biopython/biopython#4925 · 8 条评论 ·
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难度 3/5 1-2 天 新手友好度 35/100
biopython/biopython#4922 · 5 条评论 ·
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Test failures of test_orchid_est, test_pcr_primers, test_retrieve_pdb_file_mmtf, test_search_with_fields可能重新可做 @Will-Tyler 于 635 天前认领，目前没有进行中的 PR。 未关闭
biopython/biopython#4920 · 9 条评论 · 已指派 1 人 ·
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难度 3/5 1-2 天 新手友好度 25/100
biopython/biopython#4895 · 3 条评论 ·
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CEAligner hangs forever for PDB codes 3U1I and 4R4M可能重新可做 @JoaoRodrigues 于 710 天前认领，目前没有进行中的 PR。 未关闭
biopython/biopython#4888 · 7 条评论 · 已指派 1 人 ·
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难度 5/5 一周以上 新手友好度 25/100
biopython/biopython#4870 · 4 条评论 ·
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难度 4/5 3-5 天 新手友好度 25/100
biopython/biopython#4839 · 6 条评论 ·
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难度 3/5 1-2 天 新手友好度 42/100
biopython/biopython#4836 · 6 条评论 ·
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Some prameters are not mentioned in the BLAST common URL but are available on the BLAST web version未关闭Enhancement
难度 3/5 1-2 天 新手友好度 25/100
biopython/biopython#4785 · 2 条评论 ·
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Documentation
难度 4/5 3-5 天 新手友好度 35/100
维护者通常 1 天内回复
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Conversion from MMCIF to PDB and back to MMCIF gives an error可能重新可做 @JoaoRodrigues 于 865 天前认领，目前没有进行中的 PR。 未关闭
biopython/biopython#4744 · 2 条评论 · 已指派 1 人 ·
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难度 3/5 1-2 天 新手友好度 35/100
biopython/biopython#4720 · 5 条评论 ·
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[feature] Phylo: get color from comment in nexus file可能重新可做 @etal 于 915 天前认领，目前没有进行中的 PR。 未关闭
biopython/biopython#4712 · 1 个 reaction · 已指派 1 人 ·
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Inefficient indexing into `Bio.Align.substitution_matrices.Array` during `pairwise2` alignment可能重新可做 @mdehoon 于 932 天前认领，目前没有进行中的 PR。 未关闭
biopython/biopython#4701 · 4 条评论 · 已指派 1 人 ·
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难度 3/5 1-2 天 新手友好度 55/100
biopython/biopython#4694 · 3 条评论 ·
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难度 3/5 1-2 天 新手友好度 35/100
biopython/biopython#4656 · 16 条评论 ·
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难度 5/5 一周以上 新手友好度 35/100
biopython/biopython#4648 · 2 个 reaction ·
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难度 4/5 3-5 天 新手友好度 42/100
biopython/biopython#4618 · 6 条评论 ·
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Single public location for requirements to build documentation可能重新可做 @Bano733-code 于 327 天前认领，目前没有进行中的 PR。 未关闭Documentation Testing
难度 3/5 1-2 天 新手友好度 38/100
biopython/biopython#4583 · 2 条评论 ·
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