f2 from qpgraph with NULL as outgroup
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评估
调研方向
从 qpgraph 的输出路径和对 NULL outgroup 的处理入手；该 issue 未指明源文件、测试或入口点。复现所报告的 f2 和 Fst 比较，然后记录禁用归一化是否会按预期改变 f2；如果确认了该行为，则添加一个针对性的回归测试。
由索引模型根据 Issue 内容生成。
描述
Hi All,
I'm wondering what is the scale of f2 in qpgraph output? I set outgroup as NULL to turn off normalization but the resulting f2 seems to be normalized by heterozygosity somewhere. I tried to compute f2 and Fst myself, and my Fst agrees with qpgraph but f2 doens't.
I'm very grateful for the help.
Chi-Chun
- 主要语言
- C
- 星标
- 236
- 派生
- 76
- PR 合并指标
- 30 天内没有已合并 PR
环境准备
这个项目没有提供开发容器、Dockerfile 或贡献指南，环境需要你自己搭建：先看它的 README，通用步骤见我们的新手贡献指南。
从这里开始
- 先读完整个 Issue，再读项目的贡献指南。
- 在 Issue 下留言说明你要接手 —— 这能避免两个人做同样的事。
- Fork 仓库，在一个分支上完成修改。
- 提交 Pull Request，并在描述里引用这个 Issue 编号。
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