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Use of DoparParam

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评估

难度
3/5
预计耗时
1-2 天
新手友好度
35/100
Issue 类型
文档
描述清晰度
基本清楚
活跃度
停滞
技术栈
r
领域
documentation

调研方向

Start with the BiocParallel vignette sections covering foreach and DoParParam. Clarify the package-author workflow: users handle registration and cluster construction, package code uses BPPARAM, and the default remains serial. Done means the vignette explains these steps and the rationale for replacing old cluster-management code.

由索引模型根据 Issue 内容生成。

描述

(from @vjcitn) The BiocParallel vignette mentions foreach support and DoParParam ... but for package authors the steps of makeCluster, registerDo* and stopCluster the vignette should indicate what a package author foreach devotee would do to take advantage of BiocParallel

  1. leave registration and any cluster construction to the user outside
    of package code
  2. whatever cluster configuration is done is done using BiocParallel facilities,
    culminating in a DoParParam that the user manages and passes in
    via BPPARAM
  3. ensure that default behavior is to run in serial mode

Ultimately it seems that the effects of switching to BiocParallel are only to remove code and ensure that BPPARAM is present and used properly. So it is a gain for simplicity and maintainability, but old habits die hard

主要语言
R
星标
69
派生
32
30 天内没有已合并 PR

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