Better handle failed processing jobs when terminated by cluster
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評估
- 難度
- 4/5
- 預估耗時
- 3-5 天
- 新手友好度
- 35/100
- Issue 類型
- 缺陷
- 描述清晰度
- 需要釐清
- 活躍度
- 停滯
- 技術堆疊
- python
研究方向
沒有指定檔案、測試或進入點。首先追蹤重新處理工作如何接收狀態更新，以及叢集終止是如何表示的；當一個已知工作的叢集工作在沒有狀態更新的情況下消失時，該已知工作被標記為失敗，而不是繼續處於旋轉狀態，即表示完成。
由索引模型根據 Issue 內容生成。
描述
Raised by Mark; this collection has a permanent spinning cog: https://ispyb.diamond.ac.uk/dc/visit/mx37593-40/id/18159036
This corresponds to a reprocessing run that combined several datasets:
The log file shows it terminating in the middle of integration (I assume due to OOM errors):
...
oooooooooooooooooooooooooooooooooo.ooooooooooooooooooooooooo
oooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooo
oooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooo
oooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooo
"o" => good "%" => ok "!" => bad rmsd
"O" => overloaded "#" => many bad "." => weak
"@" => abandoned
Mosaic spread: 0.413 < 0.413 < 0.413
-------------------- Spotfinding SWEEP2 --------------------
67030 spots found on 3600 images (max 1798 / bin)
***
******
********* ****
************* *********
* ******************* *** ************* ***
** ***************************** ******************** ****
************************************************************
************************************************************
************************************************************
************************************************************
1 image 3600
------------------- Autoindexing SWEEP2 --------------------
All possible indexing solutions:
aP 40.40 57.05 77.35 102.77 94.67 100.11
Indexing solution:
aP 40.40 57.05 77.35 102.77 94.67 100.11
-------------------- Integrating SWEEP2 --------------------
possibly we need to have a service that occasionally checks the cluster status for known reprocessing jobs, and marks it as failed if the cluster job has gone away but no status update written?
- 主要語言
- Python
- 星號
- 2
- 分支
- 3
- 平均合併
- 1 天 14 小時
- 30 天內合併 PR
- 5
環境準備
- 提供 Dockerfile 或 Docker Compose 檔案
- 沒有 Pull Request 範本
- 沒有貢獻指南
從這裡開始
- 先讀完整個 Issue，再讀專案的貢獻指南。
- 在 Issue 下留言說明你要接手 —— 這能避免兩個人做同樣的事。
- Fork 儲存庫，在一個分支上完成修改。
- 送出 Pull Request，並在描述裡引用這個 Issue 編號。
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