Hacktoberfest 2026: những issue maintainer đã đánh dấu cho tháng Mười, đang mở và phù hợp người mới. Xem issue Hacktoberfest

Decoder for MultiIndexes fails if there are other variables, using a dimension which is part of the multiindex

Đang mở
  • Có gì không ổn?
#461 0 bình luận 2 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Chưa có ai nhận issue này.

Đánh giá

Độ khó
3/5
Thời gian dự kiến
1-2 ngày
Mức phù hợp với người mới
48/100
Loại issue
Lỗi
Độ rõ ràng
Đặc tả rõ ràng
Mức độ hoạt động
Đình trệ
Công nghệ
python
Lĩnh vực
data

Hướng nghiên cứu

Start in cf_xarray/coding.py at decode_compress_to_multi_index and reproduce the example with var_with_lat added. Inspect the set_xindex call and confirm the fix by verifying that the encoded dataset decodes successfully when another variable uses a MultiIndex dimension.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

First, thank you so much. Compression-by-gathering is an incredibly usefull addition, which hopefully will end up in xarray for ragged (or sparse) array support on netcdf's. one day.

#321 added support encoding and decoding for Pandas multi-indexes using "compression by gathering". However if there are other variables in the dataset using a dimension which is part of the multiindex, decode fails.

Minimum example, is a single line addition of var_with_lat , derived from the Encoding and decoding tutorial:

ds = xr.Dataset(
    {"landsoilt": ("landpoint", np.random.randn(4), {"foo": "bar"})},
    {
        "landpoint": pd.MultiIndex.from_product(
            [["a", "b"], [1, 2]], names=("lat", "lon")
        )
    },
)

# ADDING THIS LINE WILL FAIL THE DECODING PROCESS. 
# ds["var_with_lat"] = xr.DataArray([1,2], dims="lat")

encoded = cfxr.encode_multi_index_as_compress(ds, "landpoint")
decoded = cfxr.decode_compress_to_multi_index(encoded, "landpoint")

Once var_with_lat is added, decoding fails:

---> [129](file:///home/mirico/git/Curvefit/tests/scratch%20copy.py?line=128) decoded = cfxr.decode_compress_to_multi_index(encoded, "landpoint")

File [~/devenv3/lib/python3.11/site-packages/cf_xarray/coding.py:116](https://vscode-remote+ssh-002dremote-002b7b22686f73744e616d65223a2232302e37372e32382e323139222c2275736572223a226d697269636f227d.vscode-resource.vscode-cdn.net/home/mirico/git/~/devenv3/lib/python3.11/site-packages/cf_xarray/coding.py:116), in decode_compress_to_multi_index(encoded, idxnames)
    [110](file:///home/mirico/devenv3/lib/python3.11/site-packages/cf_xarray/coding.py?line=109)     from xarray.indexes import PandasMultiIndex
    [112](file:///home/mirico/devenv3/lib/python3.11/site-packages/cf_xarray/coding.py?line=111)     variables = {
    [113](file:///home/mirico/devenv3/lib/python3.11/site-packages/cf_xarray/coding.py?line=112)         dim: encoded[dim].isel({dim: xr.Variable(data=index, dims=idxname)})
    [114](file:///home/mirico/devenv3/lib/python3.11/site-packages/cf_xarray/coding.py?line=113)         for dim, index in zip(names, indices)
    [115](file:///home/mirico/devenv3/lib/python3.11/site-packages/cf_xarray/coding.py?line=114)     }
--> [116](file:///home/mirico/devenv3/lib/python3.11/site-packages/cf_xarray/coding.py?line=115)     decoded = decoded.assign_coords(variables).set_xindex(
    [117](file:///home/mirico/devenv3/lib/python3.11/site-packages/cf_xarray/coding.py?line=116)         names, PandasMultiIndex
    [118](file:///home/mirico/devenv3/lib/python3.11/site-packages/cf_xarray/coding.py?line=117)     )
    [119](file:///home/mirico/devenv3/lib/python3.11/site-packages/cf_xarray/coding.py?line=118) except ImportError:
    [120](file:///home/mirico/devenv3/lib/python3.11/site-packages/cf_xarray/coding.py?line=119)     arrays = [encoded[dim].data[index] for dim, index in zip(names, indices)]

File [~/devenv3/lib/python3.11/site-packages/xarray/core/dataset.py:4330](https://vscode-remote+ssh-002dremote-002b7b22686f73744e616d65223a2232302e37372e32382e323139222c2275736572223a226d697269636f227d.vscode-resource.vscode-cdn.net/home/mirico/git/~/devenv3/lib/python3.11/site-packages/xarray/core/dataset.py:4330), in Dataset.set_xindex(self, coord_names, index_cls, **options)
   [4327](file:///home/mirico/devenv3/lib/python3.11/site-packages/xarray/core/dataset.py?line=4326) indexed_coords = set(coord_names) & set(self._indexes)
   [4329](file:///home/mirico/devenv3/lib/python3.11/site-packages/xarray/core/dataset.py?line=4328) if indexed_coords:
-> [4330](file:///home/mirico/devenv3/lib/python3.11/site-packages/xarray/core/dataset.py?line=4329)     raise ValueError(
   [4331](file:///home/mirico/devenv3/lib/python3.11/site-packages/xarray/core/dataset.py?line=4330)         f"those coordinates already have an index: {indexed_coords}"
   [4332](file:///home/mirico/devenv3/lib/python3.11/site-packages/xarray/core/dataset.py?line=4331)     )
   [4334](file:///home/mirico/devenv3/lib/python3.11/site-packages/xarray/core/dataset.py?line=4333) coord_vars = {name: self._variables[name] for name in coord_names}
   [4336](file:///home/mirico/devenv3/lib/python3.11/site-packages/xarray/core/dataset.py?line=4335) index = index_cls.from_variables(coord_vars, options=options)

ValueError: those coordinates already have an index: {'lat'}
Ngôn ngữ chính
Python
Star
181
Fork
51
Merge trung bình
6 giờ 39 phút
Pull request đã merge (30 ngày)
1

Chuẩn bị môi trường

Dự án này không cung cấp dev container, Dockerfile hay hướng dẫn đóng góp, nên bạn cần tự thiết lập môi trường: hãy bắt đầu từ README và xem hướng dẫn đóng góp lần đầu của chúng tôi để biết các bước chung.

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của xarray-contrib/cf-xarray

Tất cả issue của xarray-contrib/cf-xarray

Issue tương tự

Thêm issue về Python

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.