"Error in if (varx == 0) { : missing value where TRUE/FALSE needed" with fit$loo() but not loo::loo(fit$draws("log_lik"))
Chưa có ai nhận issue này.
Đánh giá
- Độ khó
- 4/5
- Thời gian dự kiến
- 3-5 ngày
- Mức phù hợp với người mới
- 30/100
Hướng nghiên cứu
Bắt đầu bằng cách so sánh điểm vào fit$loo() với loo::loo(fit$draws("log_lik")), sử dụng lỗi được báo cáo và ma trận log-likelihood 400-by-590 làm trường hợp tham chiếu. Tái hiện sự khác biệt bằng chương trình Stan và tệp mô phỏng nếu chúng được chia sẻ, sau đó xác minh rằng cả hai điểm vào đều xử lý đầu vào này nhất quán mà không gặp lỗi giá trị thiếu.
Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.
Mô tả
Hi,
Unfortunately I don't have a reproducible example because this is just popping up with a few versions of a big model. When I fit the model with cmdstanr, the following works:
> loo::loo(fit_mvn$draws("log_lik"))
Computed from 400 by 590 log-likelihood matrix.
Estimate SE
elpd_loo -31300.8 3489.9
p_loo 323.5 14.9
looic 62601.5 6979.8
------
MCSE of elpd_loo is NA.
MCSE and ESS estimates assume independent draws (r_eff=1).
Pareto k diagnostic values:
Count Pct. Min. ESS
(-Inf, 0.62] (good) 367 62.2% 37
(0.62, 1] (bad) 177 30.0% <NA>
(1, Inf) (very bad) 46 7.8% <NA>
See help('pareto-k-diagnostic') for details.
But this doesn't:
> fit_mvn$loo()
Error in if (varx == 0) { : missing value where TRUE/FALSE needed
I checked and there's no NAs anywhere:
> fit_mvn$draws("log_lik") |> anyNA()
[1] FALSE
Does anyone have any idea? Sorry I can't be more helpful with reproducible code. I'd be happy to share the Stan program with simulation file.
Thanks,
Matt
- Ngôn ngữ chính
- R
- Star
- 157
- Fork
- 38
- Merge trung bình
- 4 ngày 16 giờ
- Pull request đã merge (30 ngày)
- 2
Hướng dẫn đóng góp
Bắt đầu từ đâu
- Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
- Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
- Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
- Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.
Issue khác của stan-dev/loo
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 75/100
-
Extend loo_plot_difference Đang mở
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 25/100
-
Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 45/100
-
Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 68/100
-
Clean up issues Đang mở
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 25/100
Issue tương tự
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 75/100
briandconnelly/airnow#9 ·
-
Copy cohorts to keep old cohorts Đang mở
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 75/100
OHDSI/CohortConstructor#774 ·
-
pre-review R TeX Track: 5 (DSAIS)
Độ khó 1/5 Dưới một giờ Mức phù hợp với người mới 60/100
openjournals/joss-reviews#11330 · 7 bình luận ·
-
Release autosync 0.1.1 Đang mở
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 75/100
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 75/100