Hacktoberfest 2026: những issue maintainer đã đánh dấu cho tháng Mười, đang mở và phù hợp người mới. Xem issue Hacktoberfest

log_prob leaves a temporary output directory per call until interpreter exit

Đã đóng
  • Có gì không ổn?
#867 1 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

@atarutin đang làm issue này rồi.

Từ ngày 9/10/2026.

  • #869 của @atarutin — đang mở

Đánh giá

Độ khó
2/5
Thời gian dự kiến
1-3 giờ
Mức phù hợp với người mới
22/100
Loại issue
Lỗi
Độ rõ ràng
Đặc tả rõ ràng
Mức độ hoạt động
Đình trệ
Công nghệ
python
Lĩnh vực
tooling

Hướng nghiên cứu

The leak is in CmdStanModel.log_prob in cmdstanpy/model.py, where tempfile.mkdtemp creates an output directory under _TMPDIR that is never removed. Read how temp_single_json cleans up the neighbouring input files, then check the linked pull request #869 before starting, since it already targets this fix. Done means the output directory is removed on both the success and RuntimeError paths, and a test shows the _TMPDIR entry count is unchanged after repeated calls.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

Summary

Each call to CmdStanModel.log_prob creates a new directory under cmdstanpy._TMPDIR and never removes it. _TMPDIR is cleaned only at interpreter exit (atexit), so a long-running process accumulates one directory, holding an output.csv, per call.

Where

cmdstanpy/model.py, CmdStanModel.log_prob (1.3.0):

output_dir = tempfile.mkdtemp(prefix=self.name, dir=_TMPDIR)
output = os.path.join(output_dir, "output.csv")
...
result = pd.read_csv(output, comment="#")
return result

Nothing removes output_dir, on either the success path or the RuntimeError path. The data and params files right beside it use temp_single_json(...) context managers and are cleaned up.

Why it matters

We run log_prob once per optimizer start, as a gradient diagnostic, inside a long-lived worker process. A single fit runs hundreds of starts, and the worker runs indefinitely. The directories grow without bound until the process exits.

Today we work around it by calling the compiled program's log_prob method directly through subprocess, with an output directory we own. That means duplicating cmdstanpy's argument handling, which we would rather not do.

Suggested fix

Let log_prob own its output directory for the duration of the call, as the JSON inputs already do:

with tempfile.TemporaryDirectory(prefix=self.name, dir=_TMPDIR) as output_dir:
    output = os.path.join(output_dir, "output.csv")
    ...
    result = pd.read_csv(output, comment="#")
return result

read_csv loads everything before the directory is removed, so the returned DataFrame is unaffected. An optional output_dir= argument, as optimize/sample have, would also let callers keep the CSV when they want it.

We are happy to open a PR with a test, for example asserting that _TMPDIR's entry count is unchanged after N calls.

Versions

cmdstanpy 1.3.0, CmdStan 2.40.0, Python 3.12, Linux x86_64.

Ngôn ngữ chính
Python
Star
198
Fork
82
Merge trung bình
4 ngày 11 giờ
Pull request đã merge (30 ngày)
3

Chuẩn bị môi trường

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của stan-dev/cmdstanpy

Tất cả issue của stan-dev/cmdstanpy

Issue tương tự

Thêm issue về Python

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.