cmdstan stops working with Intel MKL

Đang mở
  • Có gì không ổn?
#1,050 11 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Chưa có ai nhận issue này.

Đánh giá

Độ khó
4/5
Thời gian dự kiến
3-5 ngày
Mức phù hợp với người mới
35/100
Loại issue
Lỗi
Độ rõ ràng
Cần làm rõ
Mức độ hoạt động
Đình trệ
Công nghệ
cpp
Lĩnh vực
build-system

Hướng nghiên cứu

Tái hiện model đính kèm với cmdstan 2.28.0, các thiết lập make/local được hiển thị, GCC 8.2.0 và Intel MKL 2019.1.144. Bắt đầu với compiler trace trong stan/lib/stan_math/lib/eigen_3.3.9/Eigen/src/Core/ArrayWrapper.h và các lệnh gọi đi qua stan/src/stan/io/deserializer.hpp. Được xem là hoàn tất khi model biên dịch được với MKL như đã từng làm dưới cmdstan 2.21.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

Summary:

The attached model used to work with previous (pre 2.28.0) MKL installations, but it fails to compile now with 2.28.0.

Description:

With the MKL being used the latest cmdstan 2.28.0 stops compiling with the model below.

make/local:

MKL_CBWR=AVX
CC = gcc
CXX = g++
C_MKL=-I ${MKLROOT}/include -march=ivybridge -DEIGEN_USE_MKL_ALL -Wno-enum-compare
LD_MKL=-L${MKLROOT}/lib/intel64 -lmkl_intel_lp64 -lmkl_core -lmkl_sequential -lpthread -lm -ldl -Wl,-rpath=${MKLROOT}/lib/intel64,--no-as-needed
# which need to be passed to compiler/linker options
CXXFLAGS += $(C_MKL)
CFLAGS += $(C_MKL)
LDFLAGS += $(LD_MKL)
STAN_THREADS=true

blrm_exnex-combo3_data_R.txt

blrm-exnex-28_stan.txt

Error message during compilation (g++ 8.2.0):

stan/lib/stan_math/stan/math/prim/fun/lb_constrain.hpp:175:49:   required from ‘auto stan::math::lb_constrain(const std::vector<T1>&, const L&, stan::return_type_t<T1, T2>&) [with T = std::vector<Eigen::Matrix<stan::math::var_value<double>, -1, 1>, std::allocator<Eigen::Matrix<stan::math::var_value<double>, -1, 1> > >; L = int; stan::require_not_std_vector_t<T_high>* <anonymous> = 0; stan::return_type_t<T1, T2> = stan::math::var_value<double>]’
stan/src/stan/io/deserializer.hpp:386:38:   required from ‘auto stan::io::deserializer<T>::read_constrain_lb(const LB&, LP&, Sizes ...) [with Ret = std::vector<std::vector<Eigen::Matrix<stan::math::var_value<double>, -1, 1>, std::allocator<Eigen::Matrix<stan::math::var_value<double>, -1, 1> > >, std::allocator<std::vector<Eigen::Matrix<stan::math::var_value<double>, -1, 1>, std::allocator<Eigen::Matrix<stan::math::var_value<double>, -1, 1> > > > >; bool Jacobian = false; LB = int; LP = stan::math::var_value<double>; Sizes = {int, int, int}; T = stan::math::var_value<double>]’
/home/weberse2/t/blrm-exnex-28.hpp:4732:24:   required from ‘stan::scalar_type_t<T2> blrm_exnex_28_model_namespace::blrm_exnex_28_model::log_prob_impl(VecR&, VecI&, std::ostream*) const [with bool propto__ = false; bool jacobian__ = false; VecR = Eigen::Matrix<stan::math::var_value<double>, -1, 1>; VecI = Eigen::Matrix<int, -1, 1>; stan::require_vector_like_t<VecR>* <anonymous> = 0; stan::require_vector_like_vt<std::is_integral, VecI>* <anonymous> = 0; stan::scalar_type_t<T2> = stan::math::var_value<double>; std::ostream = std::basic_ostream<char>]’
/home/weberse2/t/blrm-exnex-28.hpp:6142:77:   required from ‘T_ blrm_exnex_28_model_namespace::blrm_exnex_28_model::log_prob(Eigen::Matrix<T_job_param, -1, 1>&, std::ostream*) const [with bool propto__ = false; bool jacobian__ = false; T_ = stan::math::var_value<double>; std::ostream = std::basic_ostream<char>]’
stan/src/stan/model/model_base_crtp.hpp:96:77:   required from ‘stan::math::var stan::model::model_base_crtp<M>::log_prob(Eigen::Matrix<stan::math::var_value<double>, -1, 1>&, std::ostream*) const [with M = blrm_exnex_28_model_namespace::blrm_exnex_28_model; stan::math::var = stan::math::var_value<double>; std::ostream = std::basic_ostream<char>]’
stan/src/stan/model/model_base_crtp.hpp:93:20:   required from here
stan/lib/stan_math/lib/eigen_3.3.9/Eigen/src/Core/ArrayWrapper.h:80:48: error: passing ‘const NestedExpressionType’ {aka ‘const Eigen::CwiseUnaryView<Eigen::MatrixBase<Eigen::Map<Eigen::Matrix<stan::math::var_value<double>, -1, 1>, 0, Eigen::Stride<0, 0> > >::val_Op, Eigen::Map<Eigen::Matrix<stan::math::var_value<double>, -1, 1>, 0, Eigen::Stride<0, 0> > >’} as ‘this’ argument discards qualifiers [-fpermissive]
       return m_expression.coeffRef(rowId, colId);
                                                ^
In file included from stan/lib/stan_math/lib/eigen_3.3.9/Eigen/Core:439,
                 from stan/lib/stan_math/lib/eigen_3.3.9/Eigen/Dense:1,
                 from stan/lib/stan_math/stan/math/prim/fun/Eigen.hpp:22,
                 from stan/lib/stan_math/stan/math/rev.hpp:4,
                 from stan/lib/stan_math/stan/math.hpp:19,
                 from stan/src/stan/model/model_header.hpp:4,
                 from /home/weberse2/t/blrm-exnex-28.hpp:3:
stan/lib/stan_math/lib/eigen_3.3.9/Eigen/src/Core/DenseCoeffsBase.h:340:33: note:   in call to ‘Eigen::DenseCoeffsBase<Derived, 1>::Scalar& Eigen::DenseCoeffsBase<Derived, 1>::coeffRef(Eigen::Index, Eigen::Index) [with Derived = Eigen::CwiseUnaryView<Eigen::MatrixBase<Eigen::Map<Eigen::Matrix<stan::math::var_value<double>, -1, 1>, 0, Eigen::Stride<0, 0> > >::val_Op, Eigen::Map<Eigen::Matrix<stan::math::var_value<double>, -1, 1>, 0, Eigen::Stride<0, 0> > >; Eigen::DenseCoeffsBase<Derived, 1>::Scalar = double; Eigen::Index = long int]’
     EIGEN_STRONG_INLINE Scalar& coeffRef(Index row, Index col)
                                 ^~~~~~~~

This is with MKL version 2019.1.144

Reproducible Steps:
Current Output:

The current output. Knowing what is the current behavior is useful.

Expected Output:

It should just work as it did with previous versions. The last version we have tested this setup ok is cmdstan 2.21.

Additional Information:

NA

Current Version:

v2.28.0

Ngôn ngữ chính
C++
Star
240
Fork
105
Không có pull request nào được merge trong 30 ngày

Chuẩn bị môi trường

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của stan-dev/cmdstan

Tất cả issue của stan-dev/cmdstan

Issue tương tự

Thêm issue về C++

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.